15.7.1548 Schaffhausen, 19.8.1606 Schaffhausen, reformiert, von Schaffhausen. Sohn des Jakob, Pfarrers, und der Anna Elisabeth Thumisen. Schwager des Daniel Lindtmayer. Rahel Oechslin, Tochter des Blasius, Pfarrers. Ab 1562 an der höheren Schule in Strassburg, 1567-1569 Theologiestudium in Zürich. 1569-1575 war Johann Jakob Rüeger Pfarrer in Mollis und Schwanden, wo er die Bekanntschaft mit Aegidius Tschudi machte. Ab 1575 war er Frühprediger am Münster Schaffhausen, daneben Pfarrer in Buch (SH), Hemmental und Büsingen, ab 1577 Diakon und ab 1600 Hauptpfarrer am Münster. 1592-1606 amtierte er als Scholarchenrat. 1596-1599 registrierte Rüeger im Auftrag des Rats das Klosterarchiv Allerheiligen. Er verfasste Monografien über die Familien Im Thurn und Fulach, eine "Synopsis historica", und als Hauptwerk, eingebaut in eine Reichs- und Schweizergeschichte, eine historisch-topografische Beschreibung der Stadt und Landschaft Schaffhausen (1600-1606). Rüeger schöpfte aus dem Kloster-, Spital- und stadtstaatlichen Archiv (die Ratsmanuale blieben ihm verschlossen) und stützte sich für die Reichs- und Schweizergeschichte – vom reformierten Standpunkt aus – auf Johannes Stumpf und Franz Guillimann sowie auf Weltchroniken. Seine Stadtgeschichte (Band 5) und die Genealogien von 129 Schaffhauser Adels- und Patrizierfamilien (Band 7) sind eigenständige Werke. Rüeger unterhielt einen umfangreichen Briefwechsel mit zahlreichen Gelehrten und Forschern, auch mit Katholiken, in der Schweiz und in Süddeutschland, unter anderen mit Basilius Amerbach (dem Jüngeren), Johann Wilhelm Stucki von Zürich oder dem Augsburger Adolf Occo. Johann Jakob Rüeger war bis zum Ende des 18. Jahrhunderts der bedeutendste Schaffhauser Historiker.