Il lago di Thun è il più grande (48 km2) dei due bacini posti lungo il corso superiore dell'Aar (l'altro è il lago di Brienz). La sua estremità superiore (con il cosiddetto Bödeli, la pianura alluvionale tra i due laghi) si affaccia su una valle alpina, mentre l'estremità inferiore si apre verso l'Altopiano bernese. È alimentato principalmente dall'Aar e, in misura minore, dalla Kander (dalla sua deviazione nel 1711-1713); altri piccoli immissari (come il Lombach) furono spesso all'origine di alluvioni e danni. Sulle sue sponde predominano i nuclei insediativi compatti, salvo nel tratto roccioso tra Merligen e Neuhaus e nelle aree rivierasche pianeggianti situate alle estremità del lago.
Il lago di Thun è menzionato per la prima volta come lacus Dunensis nella cronaca burgunda di Fredegario (ca. 660). Territorio dell'Impero nel pieno Medioevo, la regione era divisa in diversi feudi imperiali detenuti da baroni dell'Oberland, fra cui i von Thun-Unspunnen, i von Oberhofen e più tardi i von Strättligen, i von Wädenswil e i von Eschenbach. In seguito all'estinzione dei von Zähringen, nel 1218 la fortezza e la città di Thun, loro capisaldi, passarono ai von Kyburg. Nell'ambito della vendetta di sangue seguita all'assassinio di re Alberto I d'Asburgo presso Windisch nel 1308, i d'Asburgo-Austria si impossessarono dei feudi lungo le rive del lago di Thun (Spiez, Krattigen, Oberhofen e Beatenberg). Questo rafforzamento di una potenza ostile spinse Berna a intervenire. La città acquistò Thun nel 1384, conquistò Oberhofen nel 1386 e, al più tardi nel XV secolo, integrò la regione nel suo territorio. Secondo la leggenda narrata nella cronaca di Strättligen, Rodolfo II di Borgogna fondò 12 chiese attorno al lago di Thun. Dal 1528 i diritti di pesca nel lago e negli affluenti furono detenuti per lo più da Berna, che regolamentava e sorvegliava complessivamente la pesca nei laghi di Brienz e Thun e nell'Aar (fra l'altro attraverso le ordinanze del 1617, 1745 e 1784). Nel 1803 il controllo della pesca divenne di competenza cantonale.
Per quasi tutte le valli dell'Oberland bernese, il lago di Thun era un'importante via di comunicazione. Fino a XIX secolo inoltrato i trasporti avvenivano principalmente via acqua. Soste per il traffico di transito in direzione dell'Italia e della Svizzera centrale erano il Freienhof a Thun e il palazzo comunale a Unterseen; all'estremità superiore del lago la fortezza di Weissenau e dal XVII secolo Neuhaus (dal 1913 canale navigabile fino a Interlaken) servivano da imbarcadero e punto di trasbordo. Anche le merci trasportate attraverso il passo della Gemmi erano imbarcate a Spiez o a Faulensee. Pesanti chiatte, dette Böcke, provvedevano al trasporto delle merci sul lago. Un battello postale collegava regolarmente Thun e Neuhaus. Una grande imbarcazione mercantile (detta Kälberpost, cioè «posta dei vitelli») portava settimanalmente persone e merci al vasto mercato di Thun. Per il vivace traffico locale – gli abitanti di Oberhofen, ad esempio, pascolavano il loro bestiame a Strättligen – erano utilizzate barche a vela o a remi.
Gli abitanti delle sponde del lago di Thun vivevano principalmente di pesca e della costruzione di barche, di campicoltura e, grazie al clima mite, di viticoltura (abbandonata attorno al 1900 e ripresa in parte sulla riva settentrionale dal 1927). Dalla fine del XVIII secolo il giro in battello sul lago di Thun divenne una delle attrazioni tipiche dei viaggi attraverso la Svizzera. Dal 1835 un battello a vapore trasportava i turisti a Neuhaus (da dove, grazie a una prima strada carrozzabile costruita nel Bödeli lo stesso anno, era possibile recarsi nell'Oberland orientale); in seguito furono raggiunte anche le località di villeggiatura di Gunten (1866), Oberhofen (1867), Spiez (1870) e Därligen (1872), come pure Faulensee e Merligen (1876). La strada sulla riva destra fu costruita nel 1884 sempre per motivi turistici. La linea ferroviaria realizzata sulla riva sinistra (1893) e la linea tranviaria della riva destra (1914, filobus dal 1952, autobus dal 1982) furono all'origine di una crisi della navigazione. Dal 1945 il turismo di giornata portò nuovi passeggeri. Alla fine del XX secolo il lago di Thun era una meta apprezzata anche da velisti e subacquei. L'autostrada (A6 e A8) – realizzata sulla sponda sinistra nel 1970-1973, ad eccezione dell'ultimo tratto aperto nel 1994 – all'inizio del XXI secolo favoriva più il transito verso l'Oberland che non la regione del lago di Thun. L'intensa attività edilizia degli ultimi decenni ha comportato, in particolare sulla sponda settentrionale tra Thun e Oberhofen, la formazione di un'area edificata quasi ininterrotta.