Nel 1386 il principato di L. venne riunito alla Polonia, con cui dal 1569 formò un unico Stato. Nel 1795 venne attribuito all'Impero russo in seguito alla terza spartizione della Polonia. La L. proclamò la sua indipendenza nel 1918. Il Consiglio fed. riconobbe la prima Repubblica lituana nell'agosto del 1921; un consolato venne istituito a Kaunas, la capitale dell'epoca. Dal 1918 la L. ebbe una missione diplomatica a Berna, dipendente dall'ambasciata lituana a Berlino. Le relazioni bilaterali, interrotte dopo l'annessione sovietica del 1940, vennero riallacciate nell'agosto del 1991, immediatamente dopo il fallito tentativo di colpo di Stato a Mosca. L'ambasciatore sviz. a Riga è accreditato anche presso il governo lituano, mentre la cura dei rapporti con la Conf. compete all'ambasciatore lituano a Roma. La L. dispone di consolati a Ginevra e Zurigo. Dal 1992 la rete di accordi bilaterali viene costantemente ampliata; una convenzione sulla doppia imposizione è in vigore dal dicembre del 2002. Nel 1995 il primo ministro lituano Adolfas Šleževičius ha visitato la Svizzera; lo stesso anno, il Consigliere fed. Flavio Cotti ha partecipato a un incontro di lavoro ufficiale a Vilnius. Nel 2001 il pres. della Conf. Moritz Leuenberger si è recato in visita ufficiale dal pres. lituano Valdas Adamkus. Nel 2004 le esportazioni sviz. verso la L. ammontavano a 95 milioni di frs. (spec. veicoli, macchine e prodotti chimici), le importazioni a 46 milioni (in prevalenza mobili e prodotti tessili). Per promuovere i rapporti economici, nel 2004 a Vilnius è stata fondata la sede lituana della Camera di commercio Svizzera-Baltico.
La presenza di studenti lituani all'Univ. di Basilea è attestata dal XVI sec.; il loro numero conobbe un forte aumento alla fine del XIX sec. Friburgo era l'ateneo privilegiato dai Lituani catt., alcuni dei quali ricoprirono poi importanti cariche in patria, ad esempio l'arcivescovo Jurgis Matulaitis e Stasys Šalkauskis, filosofo, professore e rettore dell'Univ. di Kaunas. Durante la prima guerra mondiale, diverse org. lituane furono attive in ambito politico o assistenziale in Svizzera. L'ufficio di informazione lituano a Losanna diretto da Joseph Gabrys, che comprendeva anche una casa editrice, si impegnò a favore dell'indipendenza del Paese. Nel periodo tra le due guerre mondiali insegnarono all'Univ. di Kaunas Joseph Ehret (letteratura ted. e franc.), Alfred Senn (linguistica) e Constantin von Regel, professore sviz. di botanica emigrato in Russia. A Basilea e Neuchâtel il professor Max Niedermann si dedicò allo studio del lituano. Dopo la svolta del 1991, nell'ambito delle relazioni culturali sono stati promossi in particolare gli scambi scientifici. Come in Estonia e in Lettonia, nelle maggiori città lituane sono stati allestiti circoli di lettura sviz. Nel 2004 20 Svizzeri risiedevano in L., mentre i cittadini lituani che vivevano nella Conf. erano 411.