Tra il 1996 e il 2003, seguendo il modello ted., le Scuole tecniche superiori, le scuole superiori per i quadri dell'economia e dell'amministrazione e le Scuole di arti applicate furono trasformate in scuole univ. professionali; complessivamente sette, vennero collegate tra loro e sottoposte a un regolamento fed. Vi potevano accedere, di regola senza un esame d'ammissione, i titolari di una maturità professionale.
A metà degli anni 1980-90 furono compiuti sforzi concreti, spec. da parte della scuola tecnica superiore di Winterthur, per ottimizzare con nuovi percorsi formativi la Formazione professionale offerta dalle scuole tecniche superiori. Su iniziativa della Conf., che riconosceva a livello sviz. ca. 240 formazioni nell'ambito della tecnica, dell'agricoltura e dell'arte, fu pianificata una riforma su scala nazionale. Al contempo andavano integrate anche le scuole professionali superiori cant. attive nell'ambito delle arti applicate, della pedagogia, del lavoro sociale e della sanità. Nel 1995 fu promulgata la legge fed. sulle scuole univ. professionali e nel 1996 venne istituita la Commissione delle scuole univ. professionali. Su sua richiesa, ma contro il parere di alcuni governi cant., all'inizio del 1998 il Consiglio fed. decise che in Svizzera vi fossero solo sette scuole univ. professionali. Di conseguenza numerose scuole dovettero unirsi prima del 2003, per formare le scuole univ. professionali della Svizzera occidentale, Berna-Mittelland, della Svizzera centrale, del Ticino, della Svizzera orientale, di Zurigo e della Svizzera nordoccidentale. Questi nuovi ist. dovevano essere "equivalenti, ma differenti" rispetto alle Università e ai Politecnici federali, a cui doveva essere offerta la massima permeabilità. A medio termine, è previsto il collegamento di tutti i centri di formazione terziari, riunendo la formazione, la ricerca e la tecnologia in un'unica "alta scuola sviz.", per cui il parlamento nell'autunno del 1999 ha concesso i crediti d'investimento necessari. Le nuove scuole univ. professionali sono finanziate per due terzi dai cant. e per un terzo dalla Conf. Secondo il loro contratto di prestazione, queste scuole non devono solo formare studenti, ma anche praticare una ricerca applicata (Ricerca scientifica), con trasferimento di conoscenze per le piccole e medie imprese, e offrire formazioni post-diploma (Educazione degli adulti). Nel 2003 il Consiglio fed. ha definito quali scuole hanno diritto al titolo di scuola univ. professionale; il 1.1.2004 ha concesso alle sette scuole univ. professionali un'autorizzazione a tempo indeterminato che ha confermato il loro status di ist. superiore.