La medicina legale si sviluppò dapprima nelle città, in stretto rapporto con le discipline affini della Medicina e con le leggi e gli ordinamenti di interesse medico (Diritto penale, Igiene). La funzione di perito legale, esercitata nel solco della tradizione medievale fino al XVIII sec. da levatrici e chirurghi, raramente da farmacisti, nel corso dell'epoca moderna fu assunta da medici cittadini (Felix Platter a Basilea, Johann Jakob Wepfer a Sciaffusa) e più tardi da medici con una specifica formazione univ. In un primo tempo la medicina legale era strettamente connessa all'etica medica e all'igiene; più tardi gli aspetti legislativo-igienici della medicina ebbero una propria evoluzione, separandosi dalla medicina legale e divenendo una disciplina autonoma. Sotto l'influsso di nuove leggi, di nuovi metodi di lavoro e dell'apparizione di nuovi pericoli (traffico stradale), nel XIX e XX sec. la medicina legale estese il suo campo di attività.
La diversa evoluzione della fitta rete di ist. di medicina legale in Svizzera è riconducibile da un lato all'eterogeneità delle legislazioni cant. e dall'altro all'influenza che hanno esercitato i Paesi confinanti sulle diverse regioni linguistiche. Nella Svizzera franc. fu principalmente adottato un metodo di indagine basato sulla confutazione, mentre in area germanofona fu privilegiato un approccio inquisitorio: il primo metodo di indagine pone l'accento soprattutto sulla medicina legale dei viventi, mentre il secondo è più incentrato sulla Criminologia medica e sull'analisi causale sul corpo inteso come oggetto.
A Basilea l'istituzione dell'autopsia (Wundschau, fino al 2001) a scopi medico-forensi stimolò dal 1449 lo sviluppo della medicina legale. Dal 1687 il medico cittadino fece parte di questa particolare autorità. Le prime lezioni di medicina legale furono offerte dall'Univ. di Basilea nel 1789. I corsi regolari iniziarono nel 1851, un ist. di medicina legale fu realizzato nel 1925 (nuovo edificio del 1960) e la cattedra ordinaria istituita nel 1937. A Berna la medicina legale rimase legata, dalla fondazione dell'Univ. (1834) fino al 1902, alla medicina igienico-legislativa nell'ambito della "farmacologia di Stato" e della "medicina di Stato"; la cattedra straordinaria di medicina legale fu creata nel 1903, quella ordinaria nel 1919 e l'ist. nel 1926. A Zurigo nel XVI sec. il medico cittadino Konrad Gessner diede avvio a una tradizione tossicologica, proseguita soprattutto nel XX sec. da Heinrich Zangger, che la estese anche a problematiche ambientali. Nel 1905 fu aperto l'ist. di medicina legale, nel 1966 il Centro sviz. di informazione tossicologica. Walter Bär fu il primo studioso dell'area centroeuropea a discutere l'idea di una genetica forense (1985-86) e introdusse l'analisi del DNA. A San Gallo il primo direttore del settore di medicina legale dell'Univ. di medicina clinica iniziò l'attività nel 1969; nel 1983 fu inaugurato un nuovo ist. indipendente. A Coira dal 1999 esiste un ist. di patologia e medicina legale.
A Ginevra la medicina legale, con una cattedra presso la facoltà di medicina dal 1876, rimase a lungo strettamente legata alla giurisprudenza. L'obitorio giudiziario fu sostituito nel 1920 dall'ist. di medicina legale. L'interesse della medicina legale per questioni morali, risultante dallo stretto legame con il diritto, proseguì con Jacques Bernheim; sotto la sua guida (1961-91) furono maggiormente sviluppate la dimensione terapeutica della medicina legale, la criminologia clinica, la Psichiatria forense e la medicina carceraria. A Losanna esiste dal 1890 una facoltà medica con un ist. di medicina legale, trasformato dal 1979 sul modello ted. e trasferito nel 1987 in una nuova sede. Dal 1988 a Losanna si effettuano i controlli antidoping per l'intera Svizzera; dal 1996 l'ist. losannese ha nuovamente adottato un approccio più clinico, analogamente alla Francia.
In Ticino la medicina legale fu esercitata dal 1989 da un medico specialista presso l'Ist. cant. di patologia a Locarno. Dal 2006 il servizio di medicina legale è stato attribuito a specialisti dell'Ist. di medicina legale di Varese.
Nell'ultimo terzo del XX sec. si moltiplicarono gli sforzi per superare le disparità nell'ambito della medicina legale in Svizzera. I direttori degli ist. di medicina legale sviz. fondarono nel 1980 la Soc. sviz. di medicina forense (dal 1992 Soc. sviz. di medicina legale). La nuova denominazione intende sottolineare l'ampiezza della disciplina. La specializzazione FMH in medicina legale fu introdotta nel 1987. Perseguita dalla fine del XX sec., l'unificazione del Codice di procedura penale si concluderà nel 2011.