Famiglia originaria di Mellingen, dove dalla fine del XV secolo diversi suoi membri sono menzionati come scoltetti. Il capostipite della linea basilese fu Hans Rudolf (ca. 1475-1550), che nel 1501 si trasferì a Basilea e lì fu attivo come mercante di panni. I suoi discendenti sono attestati dal XVII al XIX secolo come professori, ufficiali al servizio della Francia, Consiglieri e borgomastri di Basilea. In occasione dei disordini del 1833 fra la città e la campagna di Basilea, il giurista Emil Remigius (1803-1889) si schierò per Basilea Campagna, mentre il suo lontano parente Johann Rudolf era borgomastro della città. La partecipazione della famiglia Frey di Basilea alla vita politica raggiunse la sua massima espressione con Emil, Consigliere federale.