I gesuiti costituiscono un ordine di chierici regolari catt.; il nome lat. dell'ordine è Societas Jesu (SJ), cioè Compagnia di Gesù, da cui il nome gesuiti. L'ordine ebbe origine per iniziativa del cavaliere basco Ignazio di Loyola (1491-1556) e di sei suoi compagni di studi, che a Parigi nel 1534 si impegnarono solennemente a condurre una vita in povertà secondo l'esempio di Cristo e a portare la loro missione in Terrasanta, o, se questo non fosse stato possibile, a sottomettersi direttamente al papa. Poiché la missione in Palestina non si realizzò, nel 1538 il gruppo si mise a disposizione di Paolo III. Questi approvò nel 1540 la prima regola (Formula Instituti) della Compagnia, confermata nel 1550 da papa Giulio III in una versione rielaborata e completata nel 1558 dalle Constitutiones di Loyola.
Il fine dell'ordine - la diffusione e (dal 1550) la difesa della fede, l'instradamento alla vita cristiana attraverso la Predicazione, gli esercizi spirituali, la cura delle anime, il Catechismo e le opere di carità - richiedeva alcune innovazioni nella vita dell'ordine stesso, come la rinuncia a una vita monastica di clausura, alla preghiera corale e all'abito religioso; a parte questi aspetti, lo stile di vita dei gesuiti risultava caratterizzato da disponibilità e mobilità. L'ordine è retto secondo un modello monarchico-centralistico; al vertice figura un padre generale, con sede a Roma, eletto a vita (dal 1965 con possibilità di rinuncia) dalla congregazione generale e da questa sostenuto nella direzione dell'ordine. Della congregazione generale fanno parte gli assistenti (a capo di diverse province, oggi riunite in 11 assistenze), i provinciali e due rappresentanti eletti per ciascuna delle province (85 nel 2007; esistono inoltre cinque regioni indipendenti). All'interno della comunità, i membri sono suddivisi in quattro diversi livelli: novizi, scolastici, coadiutori (distinti in sacerdoti e laici) e professi. Questi ultimi, oltre ai tre voti monastici di povertà, castità e obbedienza, prestano uno speciale giuramento di completa obbedienza al papa.
Nel XVI e nel XVII sec. l'ordine conobbe una rapida diffusione. I gesuiti furono i più importanti sostenitori della Riforma cattolica. I punti centrali della loro attività divennero l'insegnamento superiore (Scuola) e l'attività missionaria (Missione), iniziata in India e in Giappone nel 1541 da Francesco Saverio. Nel XVIII sec. motivazioni teol. (fra l'altro il contrasto con il giansenismo e l'opposizione della teol. gesuita-scolastica nei confronti dell'Illuminismo) e cause politiche (l'influsso dei gesuiti come consiglieri e padri confessori sulle corti dei principi, la situazione oltremare, dove i gesuiti si opponevano alle potenze coloniali europee) gettarono sempre più in discredito i gesuiti. Diversi paesi catt. li espulsero (Portogallo, Francia, Spagna, Napoli) e sollecitarono la soppressione del loro ordine; nel 1773 papa Clemente XIV diede seguito alla richiesta. La ricostituzione a opera di Pio VII (1814) avvenne nel quadro della restaurazione ecclesiastica, il che segnò fortemente la storia dell'ordine nel XIX sec. Nel XX sec. i gesuiti presero parte in misura importante alle dispute spirituali e teol. del tempo. Nel 1995 la 34a congregazione generale della Compagnia di Gesù ha individuato la propria missione nel porsi al servizio della fede e nell'impegno per la giustizia, l'acculturazione e il dialogo interreligioso. Nel 2000 l'ordine contava 21'354 membri.
Nella vecchia Conf., per iniziativa del cardinale Carlo Borromeo e dello scoltetto Ludwig Pfyffer, nel 1574 fu istituita la prima sede dell'ordine a Lucerna, da cui nel 1577 prese vita un collegio (Scuole superiori). Nel 1578 l'attuale palazzo del governo fu concesso all'ordine, che ne fece la sua sede; nel 1677 vi fu costruita accanto la chiesa. Su richiesta del nunzio Giovanni Francesco Bonomi e del governo friburghese, Pietro Canisio fondò il collegio Saint-Michel a Friburgo (1580-81). Altre sedi, inclusi i collegi, sorsero a Porrentruy (1591), Soletta (1646), Briga (1662) e Sion (1734). Particolare importanza per le regioni catt. della Svizzera orientale ebbero la sede di Costanza (1592) e il collegio di Feldkirch (1649), che ebbe tra i fondatori i vescovi di Coira e fu da questi in gran parte finanziato. I tentativi di creare dei collegi a Roveredo (GR) e a Coira fallirono di fronte alla resistenza delle due leghe rif. Una sede stabilita a Bellinzona nel 1646 dovette essere chiusa nel 1675. Nei possedimenti conf. vi erano inoltre le fondazioni di Ponte (1621) e Bormio (1632), in Valtellina.
Durante l'ancien régime l'attività dei gesuiti fu in un primo tempo tutta al servizio della riforma tridentina della Chiesa. Nel segno della Controriforma i religiosi del collegio di Lucerna riuscirono a riportare alla fede catt. la regione del Laufental, nel principato vescovile di Basilea. I gesuiti acquisirono influenza e prestigio soprattutto grazie alla loro attività scolastica. Nei cant. catt. organizzarono e impostarono praticamente l'intera istruzione media e superiore, tanto che fino al 1773 si può parlare di un vero e proprio monopolio scolastico gesuita; un'eccezione era costituita dalle abbazie benedettine di Einsiedeln e San Gallo. Strumento di formazione era anche il teatro scolastico gesuita (Barocco, Sacre rappresentazioni). Nella cura delle anime l'ordine operava attraverso la predicazione, la catechesi, gli esercizi spirituali e le Congregazioni mariane. Nella seconda metà del XVII e nella prima metà del XVIII sec., le missioni popolari acquisirono maggiore importanza. Fino al 1773 ca. 1200 Svizzeri entrarono nell'ordine dei gesuiti, tra gli altri personalità illustri come i matematici e astronomi Paul Guldin e Johann Baptist Cysat. Numerosi gesuiti furono missionari oltremare (spec. nell'America centrale e del Sud, in India e in Cina); tra di loro, Pietro Berno, che andò in India, Johann Anton Balthasar, Philipp Anton Segesser von Brunegg e Kaspar Stiger che si trasferirono in Messico. Juan Magnin si recò in Ecuador e Perù, dove svolse anche attività scientifica descrivendo dal profilo cartografico questi territori; Martin Schmid, l'organizzatore dell'insediamento degli Indiani chiquitos, operò nell'attuale Bolivia, e l'orologiaio Franz Ludwig Stadlin alla corte imperiale di Pechino. Dopo la soppressione dell'ordine nel 1773, ex gesuiti sviz. proseguirono l'attività dei loro collegi fino alla loro morte; in seguito furono sostituiti da forze nuove.
Dopo la ricostituzione della Compagnia di Gesù, fino al 1847 i gesuiti poterono rioccupare le vecchie sedi di Briga (1814), Sion (1814) e Friburgo (1818). In quel periodo Friburgo divenne un centro influente della restaurazione catt.-gesuita. Nuove sedi sorsero a Estavayer-le-Lac (1827) e a Svitto (1836). Nel 1845 i gesuiti tornarono a Lucerna per iniziativa del governo locale. Già nella Dieta fed. del 1844 alcuni cant. avevano chiesto la cacciata dei gesuiti, ritenendoli responsabili dei disordini di maggio nel Vallese. Il controverso richiamo dei gesuiti a Lucerna fu causa di violente reazioni e condusse alle spedizioni dei Corpi franchi e al Sonderbund. Lo scoppio della guerra del Sonderbund (1847) portò all'espulsione dei gesuiti dalla Svizzera e all'inserimento della loro interdizione nella Costituzione fed. del 1848 (art. 58). La Costituzione del 1874 estese il provvedimento a ogni attività nelle chiese e nelle scuole (art. 51). Questo Articolo d'eccezione confessionale fu abrogato nel 1973 in votazione popolare.
Dopo il 1848 solo alcuni singoli gesuiti vivevano in Svizzera. Per decenni la loro attività rimase ridotta al minimo. Nel 1947 fu creata una viceprovincia sviz. indipendente, con sede del vicepadre provinciale a Zurigo, e nel 1983 una provincia sviz. autonoma. Oggi i gesuiti in Svizzera operano soprattutto nelle scienze, nella formazione religiosa degli adulti (ist. didattici e case per esercizi spirituali a Bad Schönbrunn nel com. di Menzingen e a Villars-sur-Glâne) e nella cura delle anime (rivolta a studenti e acc. di Basilea, Zurigo e Berna, e a lavoratori stagionali e ammalati), oltre che nell'attività missionaria e nella pubblicistica. L'ordine cura la pubblicazione delle riviste Orientierung e Choisir. Nel 2000 i gesuiti contavano in Svizzera 76 membri.