L'ospizio del G. dei canonici Agostiniani, sull'omonimo passo alpino (passo del Gran San Bernardo), appartiene alla diocesi di Sion e al com. di Bourg-Saint-Pierre. Un ist. religioso (ecclesia, hospitale, domus), dedicato a Nicola di Mira, è menz. la prima volta nel 1125; dal 1149 fu posto anche sotto il patrocinio di S. Bernardo di Mentone, da cui il nome dell'ospizio. Il santo l'avrebbe fondato attorno al 1050 assieme alla regina Ermengarda, moglie di Rodolfo III di Borgogna, allo scopo di riorganizzare il traffico sul passo, ostacolato dal X sec. da saraceni e potenti locali. Il monastero ospizio di S. Pietro a Bourg-Saint-Pierre, che Ermengarda aveva ricevuto come dotario (1011), faceva probabilmente parte dei possedimenti iniziali. La prima colonizzazione e la regola restano oscure: presumibilmente vi si insediò dapprima una confraternita laica sotto la guida spirituale di un hospitalarius, seguita, al più tardi dalla prima metà del XII sec., da ecclesiastici guidati da un preposito. Un sec. dopo la fondazione l'ospizio fu il centro di una congregazione di canonici regolari, che nel 1150/51 si legò all'importante convento rif. alsaziano di Marbach, adottò la regola agostiniana (menz. la prima volta nel 1225; conferma papale nel 1286) e si dedicò all'assistenza ai pellegrini e alla cura delle anime.
L'ospizio disponeva di una rete di proprietà lungo le principali vie alpine, dall'Inghilterra alla Sicilia, costituite nel 1177 da 78 fra ospizi, case, priorati e chiese, saliti a 86 nel 1286. I sovrani d'Europa, fra cui gli imperatori Federico I e Enrico VI così come il re d'Inghilterra Enrico II, in lotta per il controllo dei passi alpini occidentali, praticarono nei confronti dell'ospizio una politica di protezione e donazioni. I principali fondatori e protettori furono tuttavia i conti, poi duchi di Savoia, le cui importanti donazioni su entrambi i versanti del passo costituirono, dal XII sec., la base economica dell'ospizio. Nel XIII e XIV sec. i prepositi valdostani accrebbero i possedimenti in valle d'Aosta, nella media e bassa valle del Rodano e su entrambe le rive del lago di Ginevra, loro residenza privilegiata (Meillerie, Thonon, Etoy).
Il principale organo dell'amministrazione spirituale e secolare della congregazione era il capitolo generale (attestato dal 1145/59), che nel XIII sec. affidò il controllo delle sedi lontane a procuratori, poi a definitori e visitatori, inviando inoltre dal 1167 questuanti con privilegi papali in tutta Europa. Nel tardo ME l'ospizio ebbe più volte problemi disciplinari ed economici, che i prepositi tentarono di risolvere, come Jean d'Arces attraverso l'adozione dei cosiddetti statuti di Etoy (1437). Furono tuttavia efficaci solo le costituzioni riformatrici centraliste del cardinale Jean Cervantès, approvate dal concilio di Basilea nel 1438 e in vigore fino al 1959, benché siano state di fatto dimenticate fra il XVI e il XVIII sec.
L'amministrazione della prepositura da parte di prepositi commendatari vicini alla casa di Savoia (1438-1586) ebbe inizialmente ripercussioni positive: l'ospizio fu ampliato (1469) e, dopo la perdita dei possedimenti inglesi (1391), alle proprietà esterne furono incorporate quelle dell'ospizio sul passo del Piccolo San Bernardo (1466). L'ospizio del G. risentì tuttavia del diritto ad essere consultato nell'assegnazione di tutti i maggiori benefici savoiardi, concesso da papa Nicola V all'antipapa Felice V (duca Amedeo VIII) in cambio della rinuncia allo scisma (1451). Ne seguì un conflitto di tre sec. fra Vallese e Savoia per il controllo dell'elezione del preposito e dell'ospizio stesso, la cui posizione geopolitica era di grande importanza. Lo scontro si inasprì durante le guerre di Borgogna (1475-76), quando le sette decanie vallesane annetterono il basso Vallese e l'ospizio. Più tardi le decanie affidarono ad avogadri l'amministrazione delle proprietà di quest'ultimo situate a nord del passo, che persero durante la Riforma numerosi benefici nella diocesi di Losanna. All'inizio del XVIII sec., sotto il preposito riformatore Louis Boniface, una disputa sull'osservanza riguardante le costituzioni del 1438 e in particolare la libera elezione dei prepositi divise la congregazione in sostenitori del Vallese e della Savoia. Nel 1735, i canonici vallesani chiesero la separazione, concessa da papa Benedetto XIV (1752), che secolarizzò le proprietà savoiardo-piemontesi dell'ospizio unendole, ad eccezione delle parrocchie, all'ordine dei cavalieri dei SS. Maurizio e Lazzaro. Nel 1753 il primo preposito vallesano, François-Joseph Bodmer, trasferì la sua residenza a Martigny (essa era ad Aosta dal 1596). Dopo la vendita dei benefici franc., alla fine del XVIII sec., i canonici limitarono il proprio operato alla diocesi di Sion.
L'ospizio fu risparmiato dalla tendenza avversa ai conventi della Repubblica elvetica. Nel 1801 Napoleone Bonaparte affidò la direzione del nuovo ospizio del Sempione ai canonici, che lo completarono a proprie spese (1831-35). Coinvolto nei tumulti del Sonderbund sotto il preposito François-Benjamin Filliez (1847), l'ospizio del G. fu posto sotto un'amministrazione controllata dal governo vallesano radicale (1848); nel 1879 gli fu versata un'indennità simbolica per una parte dei beni secolarizzati. L'apertura della strada del passo al traffico motorizzato (1903 e 1905) portò con i turisti una nuova clientela. Alla fine del XIX sec. l'ospizio fu ampliato attraverso la costruzione di un edificio annesso. Dopo la realizzazione della nuova chiesa (consacrata nel 1689) e dell'ospedale S. Luigi (a nord dell'ospizio) completato nel 1786 grazie all'aiuto del re di Francia, l'edificio conventuale fu rialzato (1821-27).
Dal 1933 i canonici collaborarono con le Missioni straniere di Parigi nella provincia cinese dello Yunnan per poi lasciare la Cina comunista alla volta di Taiwan (1952). La congregazione si impegnò nell'insegnamento con l'apertura e la direzione della prima scuola di agricoltura del Vallese a Ecône (1892-1923), poi di un'altra a Saint-Martin-de-Corléans presso Aosta (1951, dal 1982 Ist. agricolo regionale) e con la fondazione e la direzione del collegio Champittet a Pully (1951-98). Ramo indipendente della Confederazione dei canonici regolari dal 1959 e ist. di diritto papale esente dalla giurisdizione diocesana, la congregazione è guidata da un preposito (abbé-prévôt), che ottenne dal 1762 il privilegio delle insegne pontificali (pastorale e mitra). Composta nel 2004 da 51 membri e nove priorati (Vallese, Aosta e Taiwan), di cui alcuni impegnati nella cura delle anime, essa è nota per l'allevamento dei cani San Bernardo, attività ripresa nel 2005 dalla fondazione Barry del Gran San Bernardo di Martigny. Attestato dalla fine del XVII sec., il San Bernardo è considerato un simbolo nazionale. Benché sopravvalutato nel suo ruolo di cane da salvataggio, Barry (1814, esposto al Museo di storia naturale di Berna) ha contribuito notevolmente alla creazione del mito, ispirando inoltre alcuni scrittori (Annette von Droste-Hülshoff e altri).