Il nome designava un comitato ristretto dei Consigli documentato dal XV-XVI sec. nei cant. urbani e più tardi anche nei cant. rurali di Glarona, Appenzello Esterno, Appenzello Interno, Uri e Obvaldo. Il Consiglio segreto, che le fonti indicavano in più modi, era composto dai Magistrati supremi del cant. (borgomastro, scoltetto, Landamano, maestro a capo delle corporazioni, alfiere, vessillifero, tesoriere) e da altri Consiglieri esperti di cose politiche, provenienti dalle regioni o dai com., e costituiva - in alcuni casi insieme con il Piccolo Consiglio - "il centro del potere governativo, l'autentica autorità di fatto" (Hans Conrad Peyer).
Se inizialmente la composizione, le competenze, la durata del mandato, la periodicità delle sedute e l'autonomia nella stesura dei verbali di questo organismo ebbero un grado di istituzionalizzazione piuttosto ridotto, nel XVII e XVIII sec. esso assunse contorni più rigidi. In genere denominato Consiglio segreto, a Basilea si chiamava Consiglio dei Tredici e a Friburgo Camera segreta; i suoi membri erano detti in franc. secrets e in ted. Heimlicher (quest'ultimo termine, tuttavia, poteva anche significare semplicemente Consigliere segreto: così, ad esempio, a Berna). Nei cant. rurali solo in pochi casi divenne permanente (ad esempio a Uri): di solito veniva insediato in caso di necessità (così a Glarona) o restava un'istituzione a tempo determinato (Obvaldo, Appenzello Interno).
Spec. in periodi di guerre e di crisi - ad esempio durante la Riforma e nella guerra dei Trent'anni - il Consiglio segreto trattava gli affari governativi urgenti (finanze, affari ecclesiastici, politica estera, difesa), affrontando tutte quelle questioni che richiedevano particolare discrezione, fra cui anche i conflitti tra fam. al potere o tra autorità. Istanza di dibattito preliminare, propositiva nei confronti dei Consigli, non doveva rispondere del suo operato né agli altri Consigli né ai com. e prendeva importanti decisioni senza consultarli, in alcuni casi sulla scorta di ampi poteri straordinari conferitigli espressamente dai Consigli. In qualche occasione la sua condotta di governo segreta, accentratrice del potere e autoritaria suscitò opposizioni nel Gran Consiglio (Basilea, 1691), nel Landrat (Appenzello Interno, 1716-17) o nelle campagne soggette (Zurigo, 1531-32); nei due casi di Appenzello e di Zurigo le resistenze sfociarono nella sua temporanea soppressione (Rivolte contadine, Rivolte cittadine).
Nei principati, il Consiglio segreto era l'organismo consultivo più stretto del sovrano; le proprie richieste spesso ne predeterminavano le decisioni. I suoi membri, nominati dal sovrano, erano i pres. dei Consigli (Consiglio aulico, Camera delle finanze, Consiglio ecclesiastico) e altri funzionari principeschi di rango elevato (camerlenghi, cancellieri, balivi, nel principato vescovile basilese anche un rappresentante del capitolo cattedrale).