La guerre de Berthoud (1383-1384) mit un terme à la rivalité opposant les comtes de Kibourg-Berthoud à la ville de Berne, puissance montante, à propos du landgraviat de Bourgogne. Le déclic en fut un coup de main irréfléchi contre Soleure, le 11 novembre 1382, par lequel le comte Rodolphe II, très endetté, tenta sans succès de forcer la restitution de gages. Cette attaque contre un allié offrit à Berne un prétexte bienvenu pour en découdre avec les Kibourg. La ville se prépara sur les plans financier, militaire et diplomatique: elle obtint des crédits bâlois, des armes à feu lucernoises, l'assistance militaire de la Savoie, de Neuchâtel et, pour la première fois, des Confédérés, selon le Pacte de 1353; elle s'assura la neutralité du duc Léopold III d'Autriche, suzerain des Kibourg.
Berne s'en prit à des ministériaux des Kibourg dans l'Emmental et la Haute-Argovie, puis au cœur même de l'adversaire, au château et à la ville de Berthoud, assiégés à la fin de mars 1383. L'armée des Bernois et Soleurois, avec des renforts venus des Waldstätten, de Lucerne, de Zurich, de Savoie et de Neuchâtel, munie de catapultes et pour la première fois de canons et d'arquebuses, ne put cependant venir à bout d'une résistance commandée par Berthold Ier, oncle de Rodolphe II. Le siège fut levé après quarante-cinq jours. Même le cessez-le-feu séparé conclu avec les bourgeois de Berthoud le 21 avril 1383 n'avait pas permis aux Bernois de l'emporter.
Devant les frais énormes de la guerre et la menace de troubles internes, le Conseil de Berne dut accepter la médiation des Confédérés, qui fixèrent au chiffre élevé de 37 800 fl. le prix des villes et châteaux de Berthoud et Thoune (y compris les juridictions externes). Berne les acquit le 5 avril 1384, ce qui lui ouvrit les portes et les plus gros marchés de l'Emmental et de l'Oberland. La paix du 7 avril 1384 scella le sort des comtes de Kibourg-Berthoud: forcés d'acquérir la bourgeoisie de la cité bernoise de Laupen, ils perdaient leurs principaux territoires et beaucoup de leur liberté (limitation du droit de guerroyer, assujettissement à l'arbitrage confédéral en cas de conflit).