L'abondance des voies d'eau sur le territoire helvétique a été peu mise à profit dans le domaine militaire. L'emploi principal fut le transport de troupes, documenté dès le Moyen Age, pour lesquelles on utilisait des embarcations civiles. En 1422 par exemple, le contingent lucernois allant à Arbedo, soit 400-500 hommes, traversa le lac des Quatre-Cantons sur sept chalands. En janvier 1798, une partie des troupes françaises d'invasion débarqua à Nyon et à Lausanne. Lors de la guerre franco-allemande de 1870, les Tessinois traversèrent le lac des Quatre-Cantons pour se rendre sur la frontière du Rhin.
La Suisse ne connut aucune bataille navale importante. Mais des navires, parfois des radeaux, servirent lors des sièges ou furent utilisés dans des actions amphibies. Strabon (Livre VII) rapporte des opérations entre Romains et Vindéliciens en 15 ou 14 av. J.-C. sur le lac de Constance. En 1375, les Bernois assiégèrent le château de Nidau depuis la Thielle en installant des armes de siège sur des barques. Durant la guerre de Zurich, différentes actions opposèrent Schwytzois et Zurichois pour la suprématie sur le lac de Zurich (siège de Rapperswil, attaque-surprise amphibie sur Hurden, combat d'infanterie livré de radeau à radeau près de Männedorf en 1445). Lors des guerres de Bourgogne, les Bernois ne purent délivrer la garnison de Grandson en traversant le lac de Neuchâtel mais, lors du siège de Morat, ils maintinrent de nuit le contact avec la ville au moyen de barques.
Des navires de guerre circulèrent toutefois de façon épisodique sur les lacs suisses. Sur le Léman, la maison de Savoie entretint une flottille dès le XIIIe s., mouillée dans les ports de Villeneuve (VD) et de Ripaille (Thonon, F), qui furent aussi des chantiers navals. La Construction navale évolua aux XVIIe-XVIIIe s. grâce aux efforts des Genevois, des Bernois et des Zurichois: pour faire face à la flottille savoyarde, des brigantins genevois (dont Le Soleil) et des galères bernoises (Le Grand Ours et Le Petit Ours) croisèrent sur le Léman, tandis que sur le lac de Zurich des unités de guerre construites en 1693 naviguèrent pendant nonante ans. Le port de Morges, achevé en 1695, était militaire et commercial. Mais ces flottes (quelques unités) ne jouèrent qu'un rôle effacé. Plusieurs projets ne furent jamais exécutés; après les efforts entrepris par le dernier "amiral", Auguste de Crousaz (✝︎1798), la flottille bernoise sera désarmée en 1793.
Les Etats voisins furent plus intéressés par l'utilisation de forces navales que les Suisses. Aux Xe-XIe s., le contrôle des lacs de Lugano et de Côme donna lieu à des guerres navales. Lors des guerres de Musso (1525-1532), des combats très violents se déroulèrent sur le lac de Côme. Le Bodan vit des Suédois affronter les Impériaux en 1633. Le lac Majeur fut le théâtre d'opérations lors de la guerre franco-piémontaise contre l'Autriche (1859). Trois vapeurs autrichiens s'enfuirent à Magadino et ses soldats furent internés. La Confédération acheta les bateaux autrichiens (dont la canonnière Radetzky construite en Suisse), mais les revendit en 1860 et 1861 déjà au gouvernement italien.
Au début de la Première Guerre mondiale, les Suisses, contrairement à leurs voisins (Italie, Autriche, Bavière, Wurtemberg et Bade) n'avaient aucune unité, ni sur les lacs tessinois ni sur le lac de Constance. Sur celui-ci, l'armée utilisa pour la garde de la frontière des canots, qu'elle remplaça par des bateaux à moteur en 1917, démobilisés après la guerre. Il fallut attendre 1942 pour que soit recréée une flotte militaire, en fonction sur les lacs de la frontière et du Réduit (neuf patrouilleurs armés, plus une cinquantaine de bateaux privés réquisitionnés). Ce fut l'origine de la compagnie créée en 1947, divisée en trois compagnies en 1961 (lac de Constance, lac Léman, lacs tessinois). Equipées en 1980 de dix nouvelles unités, elles ont depuis 1995 leur propre école de recrues. Les détachements de bateaux de transports formés dès 1970 ont été supprimés en 1994, les derniers ayant servi sur le lac des Quatre-Cantons.