Etudiant tout ce qui a trait à l'agriculture et à l'élevage, l'agronomie relève des sciences aussi bien naturelles qu'économiques. Après les physiocrates, le premier agronome au sens moderne du terme fut l'Allemand Albrecht Thaer (1752-1828). Il fonda des académies et des écoles chargées d'élaborer et de diffuser les connaissances concernant les engrais, la culture et les fourrages et eut une grande influence sur la recherche et l'enseignement agronomiques en Suisse (Physiocratie, Sociétés économiques). Philipp Emanuel von Fellenberg (1771-1844) créa les première écoles bernoises d'agriculture (Hofwil), exemple que d'autres cantons allaient suivre (Ecoles d'agriculture).
L'agronomie, en tant que science économique, a ses racines dans les écrits des grands classiques, Adam Smith et David Ricardo, mais aussi dans les œuvres de Thaer et de son disciple Johann Heinrich von Thünen (1783-1850), pionnier des recherches en économie rurale et régionale (notion des "cercles de Thünen"). C'est par le professeur Adolf Kraemer que ces théories furent introduites à la section d'agriculture de l'Ecole polytechnique fédérale de Zurich, inaugurée en 1871 avec trois professeurs et cinq étudiants. Son successeur, Ernst Laur, se fit la caution scientifique d'une politique agricole protectionniste. Il développa des systèmes de calculation et de comptabilité qui connurent une diffusion mondiale. A partir de 1900, le programme des cours comporta la gestion d'entreprise, la production animale, l'horticulture et l'agriculture, la chimie, la technologie et la bactériologie agricoles. Dès 1960, la section dite désormais des sciences agraires et alimentaires s'ouvrit largement à de nouvelles disciplines telles que la microbiologie, les sciences laitières et alimentaires, la pédologie, la biologie de l'alimentation et de l'élevage, la génétique des populations, l'économie publique du secteur agraire, les marchés agraires et l'économie du développement et, plus récemment, la biotechnologie et la technologie génétique.
Les stations fédérales de recherches agronomiques ont connu un développement analogue. Celle de Changins (ouverte en ce lieu en 1953) est née de la fusion de l'Institut agricole vaudois (créé en 1884), de la Station viticole cantonale vaudoise (1886) et de la Station fédérale de chimie agricole (1897); les stations d'essais de Cadenazzo et de Fougères lui furent rattachées plus tard. La station fédérale d'arboriculture, de viticulture et d'horticulture de Wädenswil prit son essor en 1890 avec un centre d'essais et une école, fruit d'un concordat entre quatorze cantons. Elle a été reprise par la Confédération en 1902. Vouée à l'écologie agraire et à l'agrochimie, la station de Zurich-Reckenholz est issue d'un centre de contrôle des semences créé en 1875 et repris par la Confédération en 1878. Elle a joué un rôle pilote en matière de contrôle des engrais et des fourrages, de culture céréalière, de sélection des semences et de protection des végétaux, en particulier de la pomme de terre. En 1959, elle céda la surveillance des engrais et des fourrages à la station (cantonale, puis fédérale dès 1897) d'agrochimie de Berne-Liebefeld, qu'elle s'incorpora en 1995 comme institut pour la protection de l'environnement et l'agriculture. Créée en 1901, la station fédérale de recherches laitières de Berne-Liebefeld tire également son origine d'une institution cantonale bernoise. Elle naquit d'un besoin grandissant d'en savoir davantage sur la nature du lait ainsi que sur les aspects techniques, microbiologiques, physiologiques et chimiques de la fabrication du fromage et du beurre. Depuis 1970, la station fédérale de Posieux mène des recherches très diverses concernant les animaux d'élevage, volaille exceptée. Elle est également chargée du contrôle et de l'autorisation des aliments fourragers. La station fédérale d'économie agraire et de technique agricole a été ouverte à Tänikon en 1969 pour répondre au besoin de rationalisation qui s'était fortement manifesté dans la branche durant les années 1960. Ses principaux domaines d'activité sont l'exploitation des relevés comptables, l'élaboration de données relatives à la politique agraire, l'expertise des innovations dans le domaine des techniques agricoles, de l'aménagement des étables et des machines agricoles.
Les travaux scientifiques de l'EPF et des stations de recherches trouvèrent leur application dans les champs et les étables des paysans suisses. Les progrès des sciences et l'utilisation d'engrais et de produits phytosanitaires pour assurer et accroître les récoltes conduisirent à diversifier les cycles de culture. En même temps, des adeptes de l'agriculture biologique commencèrent à développer des techniques nouvelles de protection et de fertilisation. Dans ce but, en 1973, ils fondèrent l'Institut de recherches en agriculture biologique d'Oberwil (BL) qui, déplacé à Frick en 1997, reçoit une aide croissante de l'Etat. Actuellement, l'agronomie suisse oriente ses recherches vers une gestion plus économique et plus écologique de l'espace rural et vers une amélioration qualitative de la production.