Le chapitre cathédral de Bâle est mentionné pour la première fois vers 830 dans les livres de confraternité des abbayes de Reichenau et de Saint-Gall. Après l'abandon de la vie commune, au plus tard dans la seconde moitié du XIIe siècle, les chanoines habitèrent indépendamment de l'évêque dans le quartier de la cathédrale. Dès les XIIe-XIIIe siècles, le chapitre participa de plus en plus à l'administration épiscopale. Il put élire l'évêque dès le XIIIe siècle (évêché de Bâle) et, depuis 1261, il assura son droit de participation par les capitulations électorales que tout chanoine s'engageait à respecter au cas où il serait élu évêque. Il s'agissait surtout d'éviter l'endettement de l'évêché. Le chapitre, dont les statuts les plus anciens datent de 1289, comptait un nombre fixe de prébendes (24) et se renouvelait, au début, par cooptation. Les dignitaires étaient le prévôt, le doyen, le chantre, l'archidiacre, le custode et l'écolâtre. En 1337, les chanoines fermèrent l'accès du chapitre aux bourgeois de la ville, à moins que le candidat ne fût d'origine noble par son père. Une partie des prébendes (cinq, puis six dès 1453, dont celle dite du prêtre) étaient toutefois ouvertes aux gradués de l'université, même roturiers. Pour les prébendes réservées à la noblesse (18 dès 1453), il fallait dès 1466 prouver quatre quartiers.
Le chapitre avait son sceau, attesté dès 1183. Ses biens, repérables à partir du XIIe siècle et administrés indépendamment de ceux de l'évêque depuis 1185 au moins, se situaient à Bâle et aux environs (par exemple Benken et Bubendorf), dans le margraviat de Bade (par exemple Istein), dans le Fricktal et surtout en Haute-Alsace (par exemple Huningue, Michelfelden, Hagenthal, Spechbach). Aux possessions primitives, qui relevaient exclusivement du prévôt, s'en ajoutèrent peu à peu d'autres qui dépendaient de l'ensemble du chapitre. Dès le XIVe siècle, on distingue cinq administrations différentes, chacune avec son personnel: celle du prévôt et celle du chapitre, qui versaient les prébendes; celles qui géraient les distributions, ordinaires et extraordinaires (rémunérations liées à la participation soit aux offices au chœur, soit aux services institués par un fondateur); et la fabrique de la cathédrale, responsable des bâtiments.
A la Réforme, le chapitre perdit ses biens et revenus à Bâle et aux alentours. C'est sans doute pour cette raison qu'il se transféra en 1529 à Fribourg-en-Brisgau, ce qui le rapprochait de ses possessions de Haute-Alsace, du Sundgau et du margraviat de Bade. Les chanoines célébraient les offices dans une chapelle de la cathédrale de Fribourg-en-Brisgau. L'espoir d'un retour à Bâle s'effondra quand en 1585, par le traité de Baden que le chapitre ne signa pas, le prince-évêque Jacques Christophe Blarer de Wartensee abandonna, contre dédommagement, ses prétentions sur la ville de Bâle.
En 1675, lors de la guerre entre l'empereur et Louis XIV, les troupes françaises confisquèrent les principaux revenus du chapitre en Alsace et dans le Sundgau. Leur restitution dépendait d'un retour des chanoines dans l'évêché. Aussi se transférèrent-ils en décembre 1678 à Arlesheim, où le prince-évêque Jean Conrad de Roggenbach fit construire pour eux des maisons et, en 1679-1681, une église de style baroque. Pour les canonicats nobles, les nouveaux statuts de 1681 exigeaient seize quartiers (seize trisaïeuls nobles), condition difficile à remplir pour les candidats helvétiques; aux XVIIe et XVIIIe siècles, leurs titulaires venaient donc surtout de la partie de l'évêché qui relevait de l'Empire, d'Alsace et du Brisgau. Les chanoines devaient en outre prouver une origine allemande, être instruits (avoir fait quatre ans d'études et obtenu une licence ou un doctorat pour les prébendes de gradués) et avoir reçu la tonsure.
Après son retour dans le territoire de l'évêché, le chapitre s'associa de nouveau au gouvernement temporel. Deux délégués se trouvaient régulièrement à Porrentruy, à la cour du prince-évêque, qui confiait souvent des missions diplomatiques à des chanoines. Selon les capitulations électorales, qui sont toutes conservées depuis 1575, la nomination des conseillers intimes, du chancelier, du grand-maître et du bailli d'Ajoie était soumise à l'approbation du chapitre.
Le chapitre cathédral de Bâle, où un chanoine percevait environ mille florins par an au XVIIIe siècle, était le plus riche de Suisse, mais occupait une position moyenne dans l'Empire.
Placés en résidence surveillée à Arlesheim après l'invasion française de 1792, les chanoines émigrèrent de nouveau à Fribourg-en-Brisgau au printemps de 1793. Après le Recès de la Diète impériale (1803), ils se réunirent encore une fois à Offenburg en 1814. Mais le congrès de Vienne (1814-1815) anéantit tout espoir de rétablissement de l'évêché. Les chanoines encore vivants en 1828 renoncèrent à faire partie du chapitre du nouveau diocèse de Bâle.