Le conflit provoqua une hausse massive des dépenses de la Confédération, qui passèrent de quelque 600 millions de francs en 1938 à 1,8 milliard en 1940, dont 1,13 milliard (62,4%) pour la défense nationale militaire et économique (contre 96,7 millions en 1938), ce qui nécessita une réorganisation du système fiscal. Sous le régime des pleins pouvoirs, on introduisit successivement l'impôt sur les bénéfices de guerre (1940), la première contribution unique "au titre de sacrifice pour la défense nationale" (1940), l'impôt pour la défense nationale prolongeant l'impôt fédéral direct (1940), la contribution à la défense nationale des personnes quittant la Suisse (1941), l'Impôt sur le chiffre d'affaires (1941), un nouveau "sacrifice pour la défense nationale" (1942), l'impôt sur le luxe (1942), l'impôt anticipé (1943) et l'impôt de garantie en matière d'assurances (1945). Comme les revenus de ces impôts étaient insuffisants, on ne tarda pas à relever les taux de l'impôt fédéral direct, de l'impôt sur le chiffre d'affaires, de l'impôt sur les bénéfices de guerre et de l'impôt anticipé. La dette de la Confédération passa néanmoins de 2,6 milliards de francs en 1939 à 8,8 milliards en 1945. Les allocations pour perte de gain introduites en 1939 en faveur des mobilisés contribuèrent à éviter le retour de tensions sociales semblables à celles de 1918.
En revanche, la Deuxième Guerre mondiale n'entraîna pas de difficultés pour les finances des cantons et des communes, puisque leurs recettes provenaient principalement des impôts sur le revenu et augmentaient automatiquement avec la hausse des salaires nominaux et des gains conjoncturels. En outre, les cantons reçurent une part de l'impôt fédéral direct et de l'impôt anticipé, ce qui leur permit de réduire les déficits des années 1930.
