Il semble que l'évêque de Bâle Henri de Thoune ait fondé la ville de B., sur des terrains qui lui appartenaient, entre 1225 (domum de Bilne) et 1230 (in urbe mea de Beuna), comme point d'appui contre le bastion de Nidau. On ne sait si le château fort épiscopal, sur le flanc sud-ouest, est plus ancien ou légèrement postérieur.
La ville connut d'emblée des tiraillements: quoique centre administratif de la partie méridionale de l'évêché de Bâle et siège du premier officier épiscopal, le maire (villicus, mentionné dès 1229), elle s'émancipa au cours du XIIIe s. et mena de plus en plus sa propre politique. Dans les nombreux conflits qui l'opposèrent à son seigneur, elle s'appuya au début sur ses bourgeois propriétaires terriens et nobles (cives), tels les seigneurs de B., famille qui détenait la mairie au XIIIe s. et dont la ville reprendra les armoiries. Commerçants et artisans participaient au guet, à la défense et à l'administration, mais les charges principales restaient aux mains des nobles. Le Conseil, mentionné dès 1252, entreprit très tôt de renforcer les droits de la ville, à qui l'empereur Rodolphe Ier de Habsbourg conféra en 1275 les mêmes privilèges qu'à Bâle. En 1296, l'évêque Pierre Reich de Reichenstein octroya une charte de franchises négociée qui, élargie en 1352, resta en vigueur jusqu'en 1798.
Bien que la ville fît partie de la seigneurie temporelle de l'évêque, elle conclut de son chef, dès le XIIIe s., des combourgeoisies avec des établissements religieux (comme les chapitres de Saint-Imier et de Moutier-Grandval ou l'abbaye de Trub), des maisons comtales (comme les Neuchâtel et les Neuchâtel-Nidau) et surtout des villes (Berne en 1279, Fribourg en 1311, Soleure en 1334, Morat en 1342, La Neuveville en 1395). L'alliance avec Berne, "perpétuelle" dès 1352, fit de B. un membre de la Confédération bourguignonne. Les engagements contradictoires envers l'évêque de Bâle et la ville de Berne provoquèrent en 1367 une guerre qui s'acheva par l'incendie de la ville et la destruction du château épiscopal. Après l'extinction des comtes de Neuchâtel-Nidau (1375), l'évêque perdit en 1388 la ville et le château de Nidau, avantageusement situés, qui tombèrent aux mains de Berne. Devenue ainsi ville-frontière, B. louvoya durant quatre siècles entre son seigneur et la cité de l'Aar, dans une situation qui l'empêcha de créer sa propre seigneurie.
Auteur(e): Anne-Marie Dubler / PM