Dès le début de la Première Guerre mondiale, en vertu d'un accord entre l'état-major général suisse et ceux des puissances centrales, des membres du haut commandement suisse, les colonels Friedrich Moritz von Wattenwyl et Karl Egli, transmettent aux attachés militaires allemands et austro-hongrois le bulletin journalier de l'état-major général et des dépêches diplomatiques décryptées par le service suisse du chiffre, informations de valeur et de confidentialité inégales.
Le Conseil fédéral apprend ces faits en décembre 1915. Le général Ulrich Wille mute les deux colonels, espérant liquider discrètement l'affaire. Mais, sous la pression de parlementaires, de la presse et de l'opinion publique, le Conseil fédéral ordonne le 11 janvier 1916 une enquête administrative. Le 18, Wille accepte contre son gré la comparution des deux officiers devant un tribunal militaire; bien qu'il admette leur culpabilité, il refuse leur condamnation, nuisible à l'image de l'armée. Le lendemain, le Conseil fédéral décide de les soumettre à une procédure judiciaire complète. Le 28 février, le tribunal militaire divisionnaire V à Zurich les déclare non coupables sur le plan pénal et les renvoie à l'autorité militaire pour une mesure disciplinaire. Wille les condamne à vingt jours d'arrêt de rigueur. Le Conseil fédéral les suspend de leur fonction.
En Suisse romande, la clémence du jugement et des sanctions suscite une grande déception dont la presse se fait l'écho. Les milieux bourgeois romands se montrent conciliants, mais leur confiance est ébranlée, alors qu'en Suisse alémanique l'affaire est minimisée. Par contre, les socialistes sont unanimes pour critiquer l'armée et le gouvernement. L'affaire engendre une crise de confiance d'ampleur nationale. Dans la population, elle renforce le sentiment de l'existence de fossés séparant régions et milieux. Les intellectuels et les politiciens engagent un débat sur la valeur de la neutralité, débat qu'aggrave l'issue incertaine du conflit. Mettant en doute l'impartialité des cercles dirigeants de l'armée, l'affaire confirme aussi les profondes divergences opposant, à Berne, le Conseil fédéral et le général.