La fondation Pro Juventute, créée en 1912 par la Société suisse d'utilité publique (SSUP), fédéra le travail de différentes organisations privées d'aide à la jeunesse. Destinée au départ à assister les enfants tuberculeux, Pro Juventute prit en charge la coordination de différents secteurs d'activité comme les consultations en puériculture, la diffusion d'informations sur les activités de vacances ou les séjours de cure pour enfants, l'aide aux enfants de montagne et aux enfants touchés par la guerre, l'attribution de bourses de formation et l'aménagement d'ateliers de loisirs.
Le conseil de fondation, qui fut jusqu'en 1996 présidé par un conseiller fédéral et dans lequel siégeaient des personnalités du monde politique, économique et militaire, donnait à Pro Juventute un caractère semi-officiel. Une commission dirigeait et contrôlait le travail du secrétariat central. Les "districts" étaient responsables de la récolte de fonds et pouvaient définir et exécuter les projets locaux. Pro Juventute joua un grand rôle dans les communes quand furent introduits les services scolaires de santé et de soins dentaires, l'éducation sanitaire et la formation des parents. La fondation ouvrit en 1922 un sanatorium pour enfants à Davos, en 1935 une maison de vacances à Waltensburg/Vuorz et, en 1962, un village de vacances au Tessin. Elle s'occupait aussi de trouver soit des parents adoptifs, soit des places dans des familles d'accueil, des foyers ou des institutions, soit des places d'apprentissage ou des emplois domestiques, pour des enfants maltraités, difficiles à éduquer, handicapés ou issus de familles monoparentales, et assumait même en partie leur surveillance. Elle fonda en 1926 à l'initiative d'Alfred Siegfried l'Œuvre des enfants de la grand-route. Il s'agissait, en retirant systématiquement leurs enfants à des familles de Jenisch, d'éradiquer le mode de vie nomade (Errants), qui apparaissait comme une cause de négligence envers les jeunes et un danger pour la société. Jusqu'à la dissolution de cette association, obtenue sous pression médiatique en 1973, Pro Juventute arracha ainsi 586 enfants jenisch à leurs parents.
La fondation Pro Juventute assura la direction de plusieurs institutions (telle l'association Village d'enfants Pestalozzi de 1945 à 1950). Depuis les années 1950, elle se consacre à la création et au développement de places de jeu et de centres communautaires. Depuis 1969, elle publie des Messages aux parents (brochures d'information). Elle lança en 1985 un projet d'accompagnement de familles confrontées à une situation sociale difficile. Dans les années 1990, elle s'intéressa à la prévention de la toxicomanie et à la réhabilitation des toxicomanes; elle fit campagne pour la ratification par la Suisse de la Convention des Nations Unies relative aux droits de l'enfant (1997). Elle gère depuis 1998 une ligne téléphonique d'aide aux enfants et aux jeunes. Elle a fait paraître de 1920 à 2004 la revue mensuelle Pro Juventute. Elle reprit en 1942 les éditions Pestalozzi, qui publiaient l'almanach Pestalozzi, puis les intégra dans les éditions Pro Juventute, fondées en 1971 et vendues en 2003 à l'éditeur Orell Füssli. Ses ressources proviennent depuis le début de la vente de timbres-poste, de dons, de legs et de contributions publiques. Au début du XXIe s., elle était aux prises avec des problèmes financiers qui lui imposèrent une réorganisation.