C'est en 1827-1830, trente ans environ après son invention par Samuel Hahnemann, que l'homéopathie prit pied en Suisse, d'abord à Bâle, où vécut Franz Josef Siegrist, le premier médecin homéopathe du pays, puis dans les cantons de Saint-Gall, Zurich, Glaris, Berne et Genève. L'homéopathie est une thérapie alternative (Médecines naturelles) recourant à des médicaments fabriqués en diluant et agitant très fortement la substance même qui provoque chez un sujet sain soumis à son action les symptômes de la maladie à traiter. Ses représentants ont toujours dû se défendre contre la médecine officielle, les accusations de charlatanisme et les attaques pour manque de preuves scientifiques.
La Société gallicane d'homéopathie, fondée par Pierre Dufresne à Genève en 1832, la première du genre en Suisse, eut une existence éphémère. En 1856, trois médecins alémaniques, Samuel Zopfy, Karl Krieger et Theophil Bruckner, fondèrent la Société suisse des médecins homéopathes (SSMH), qui existe encore de nos jours et fut à certains moments de son histoire très proche de son pendant allemand (assemblées scientifiques annuelles communes avec les collègues d'Allemagne du Sud). La SSMH ne regroupait que des Alémaniques, jusqu'à sa refondation en 1927, à l'initiative du Genevois Pierre Schmidt, sans doute le plus grand homéopathe suisse du XXe s. Elle recruta dès lors dans toute la Suisse et permit à la discipline une évolution moins dépendante de l'étranger.
La Suisse a toujours compté des médecins homéopathes de réputation internationale, comme Emil Schädler et Theophil Bruckner au XIXe s., Theophil Mende et Antoine Nebel père au tournant du siècle, puis au XXe s. Pierre Schmidt et ses élèves (Jost Künzli, Adolphe Voegeli, Rudolf Flury), qui jouèrent un grand rôle dans l'enseignement de leur art en Europe après 1945.
Il y eut en Suisse quelques établissements homéopathiques au début du XXe s. (un sanatorium à Davos, l'hôpital Merian Iselin à Bâle), ainsi que diverses revues spécialisées, mais leur existence fut de courte durée. Entre 1999 et 2005, l'homéopathie et quatre autres thérapies complémentaires (médecine anthroposophique, thérapie neurale, phytothérapie et médecine traditionnelle chinoise) furent inscrites provisoirement parmi les prestations remboursées par l'assurance maladie de base. L'initiative populaire "Oui aux médecines complémentaires", qui demandait notamment la réintroduction de ces cinq méthodes dans l'assurance de base, fut acceptée le 17 mai 2009 par 67% des voix.