La paix de Westphalie, signée le 24 octobre 1648 après quatre ans de négociations à Münster et Osnabrück, mit fin à la guerre de Trente Ans. Elle consistait en un traité entre l'empereur et la France (traité de Münster) et un autre entre l'empereur et la Suède (traité d'Osnabrück). Paix de compromis, elle affaiblissait l'empereur et l'Empire, (qui subit des pertes territoriales, indépendance des Provinces-Unies par exemple), tout en renforçant les Etats de l'Empire et le statut des protestants en Allemagne (tant des luthériens que des réformés nouvellement reconnus). Pour la Suisse, la cession, par les Habsbourg-Autriche, du Sundgau et de dix villes d'Empire alsaciennes à la couronne de France signifiait que la France devenait un voisin immédiat.
Aux yeux des grandes puissances, les relations avec la Suisse étaient déjà réglées par divers traités et il n'y avait pas de raison pour que la Confédération, qui n'avait pas pris part à la guerre, soit un thème de discussion à Münster. Cependant, en raison des menaces liées à l'arrivée de la France sur le Rhin supérieur et à cause du statut ambigu de Bâle et de Schaffhouse à l'égard de l'Empire (cantons entrés dans la Confédération en 1501 seulement, après la réforme décidée par la Diète de Worms en 1495 et la paix de Bâle de 1499), les Bâlois prônèrent l'envoi d'une délégation confédérale en Westphalie. Pendant les années de guerre, la Chambre impériale de Spire avait admis plusieurs recours contre des jugements rendus à Bâle et poursuivi des marchands de cette ville, sous prétexte que Bâle, comme quelques autres pays alliés, figurait dans la matricule impériale de 1521 et dans l'ordonnance relative à la Chambre impériale, et faisait donc toujours partie de l'Empire. Les cantons catholiques refusèrent d'abord de participer, sous l'influence notamment de l'homme de confiance de l'empereur en Suisse, l'Uranais Sebastian Peregrin Zwyer von Evibach, et de l'ambassadeur de France Jacques Le Fèvre de Caumartin. En décembre 1646, le bourgmestre de Bâle Johann Rudolf Wettstein se rendit à Münster mandaté seulement par les quatre cantons-villes protestants et les deux villes alliées protestantes de Bienne et Saint-Gall. Au début, il ne fut question que d'éliminer les prétentions de la Chambre impériale, de confirmer les anciens privilèges et d'inscrire expressément la Confédération dans le futur traité de paix. Soutenu et guidé par le principal négociateur français, Henri II d'Orléans-Longueville qui, en tant que prince de Neuchâtel avait un intérêt personnel à la séparation entre l'Empire et la Suisse, Wettstein élargit son mandat, pour viser l'acquisition d'un statut de souveraineté moderne, concept de droit international encore à peine reconnu dans la Confédération. En février 1647, il obtint enfin un mandat des XIII cantons, cette fois à l'instigation de Zwyer von Evibach et de l'ambassadeur de France en Suisse. Une fois surmontée l'opposition des Etats de l'Empire, Bâle et les autres cantons confédérés se virent reconnaître (article 6 du traité d'Osnabrück et paragraphe 61 de celui de Münster), non pas la souveraineté internationale abolissant le droit impérial (telle qu'elle fut accordée aux Provinces-Unies dans leur traité avec l'Espagne), mais la "pleine liberté et exemption de l'Empire", assortie d'une déclaration précisant que les cantons n'étaient plus soumis à la juridiction de l'Empire. Cette exemption fut immédiatement interprétée comme souveraineté internationale, tant par la France que par l'empereur, qui sur ce point se trouvaient curieusement d'accord, chacun en fonction de ses intérêts. Quelques juristes défendirent cependant jusqu'à la fin de l'Empire (tel Ludwig Friedrich von Jan en 1803 encore) la fiction d'une appartenance de la Confédération à celui-ci comme "Etat jouissant de la plus haute liberté".