La navigation et le flottage jouèrent un rôle capital en Suisse jusqu'au milieu du XVIIIe siècle. Les ports étaient indispensables au transport des personnes et des marchandises et leur présence favorisait souvent le développement et la prospérité économique d'un lieu.
Au Néolithique et à l'âge du Bronze, il n'existait pas encore de véritables installations portuaires qui ne prirent de l'importance qu'à l'époque romaine. Bien qu'excellents bâtisseurs de routes, les Romains utilisaient toujours les voies d'eau quand cela était possible et construisaient habitations, colonies et camps militaires au bord des cours d'eau ou des lacs. Des associations de flotteurs et de bateliers sont d'ailleurs attestées à cette époque pour le Rhône, l'Aar, le Léman et le lac de Côme. Les lacs du nord et du sud des Alpes et ceux du pied du Jura furent également mis à profit. Les ports romains connus sont ceux de Genève (construit entre 123 et 107 av. J.-C.), de Lausanne et d'Aventicum, ainsi que les ports fluviaux de Vindonissa au bord de la Reuss, découvert en 2002, et de Petinesca sur les rives de l'Aar, mis au jour en 2010.
Au Moyen Age, la prépondérance des voies d'eau et des ports, dont l'infrastructure resta simple jusqu'au XVIIIe siècle, s'accentua encore. Les ports, points de rupture de charge, servaient de soustes où les marchandises passaient d'une société de transports à l'autre et pouvaient parfois être stockées. Les entrepôts destinés à cet usage présentaient, comme à Lucerne au XIIIe siècle, des façades ouvertes et des galeries d'accès extérieures soutenues par une poutraison. La plupart du temps, la structure comprenait aussi un bâtiment (Schiffshaus) où les formalités douanières étaient remplies, de nombreux ports servant aussi de douanes. On construisit dans certains ports des habitations équipées d'un four et d'un jardin potager pour les commis (gardiens des ports), voire un chantier naval dans les endroits les plus importants. A côté des bâtiments, il fallait prévoir un quai de chargement et de déchargement aussi fonctionnel que possible. Il s'agissait souvent d'une esplanade couverte de dalles de pierre et d'un pont en bois sur pilotis plus ou moins long en fonction de la profondeur d'eau.
On compte parmi les localités portuaires Walenstadt et Weesen sur la route Zurich-Coire, Yverdon et Morges sur la voie Berne-Genève, Flüelen sur l'axe du Gothard et enfin Horgen et Zoug entre Zurich et Lucerne. D'autres avaient aussi de l'importance, comme celles de Berne, Aarberg, Fribourg, Villeneuve (VD), Vevey et Lausanne, qui faisaient la jonction entre les voies fluviales et terrestres, Rheineck servant de site de transbordement sur la route d'accès à Coire, Bâle, Constance et Lucerne étant les principaux ports commerciaux de grandes régions.
Aux XVIIIe et XIXe siècles, les ports souffrirent de l'importance que prirent la route et le rail dans le transport des personnes et des marchandises. Les ports touristiques furent les seuls à continuer à se développer; on aménagea souvent des quais, comme au bord du Léman et du lac de Zurich, pour augmenter leur prestige. Au cours du XXe siècle, des ports de plaisance dédiés aux sports nautiques virent le jour sur les rives de presque tous les grands lacs. Il s'agissait soit de nouvelles constructions, soit de transformations de structures existantes.
Le seul port d'importance internationale est celui de Bâle, qui constitua de l'époque romaine au Moyen Age une étape sur l'axe nord-sud des voies navigables. Son importance diminua fortement au XVIe siècle, mais reprit dès 1832 avec l'avènement de la navigation à vapeur sur le Rhin. De 1905 à 1939, le complexe portuaire fut agrandi en plusieurs endroits (Saint-Jean en 1905, Petit-Huningue et Klybeckquai dès 1919, Birsfelden et port fluvial d'Au à Muttenz dès 1936). Pour la première fois en 1912, 100'000 t de biens, principalement de charbon, y furent transbordés en une année (2 millions de t de charbon en 1957). Au cours des vingt-cinq dernières années, la quantité de marchandises transbordées a baissé, notamment parce que les produits pétroliers ont remplacé progressivement le charbon. L'image du port est, au début du XXIe siècle, marquée par la présence de citernes et de terminaux à conteneurs.