Le terme apparaît au IXe s. lors du partage du duché d'Alsace entre Nordgau et S.; il désigne alors la partie sud de l'Alsace ou Haute-Alsace (dont l'Ajoie faisait encore partie). Au XIIIe s., le S. est la partie de l'Alsace située au sud de la Thur, rivière qui passe à Thann. Les géographes actuels appellent S. les collines au sud de Mulhouse, entre la forêt domaniale de la Hardt à l'est et la ligne de partage des eaux (Rhin-Rhône) à l'ouest, qu'ils distinguent du Jura alsacien, vers la frontière suisse, voisin des cantons de Bâle, Soleure et du Jura. On distingue, d'ouest en est, le Haut-S., celui des étangs et des carpes, le Moyen S., vallées de l'Ill et de son affluent le Thalbach, enfin le Bas S. C'est un territoire rural dont les villes principales sont Altkirch, capitale historique, et Ferrette.
S. a aussi désigné un décanat (ou chapitre rural) du diocèse de Bâle, qui s'est étendu jusqu'à Thann; ses limites ont beaucoup varié, les deux modifications principales ayant eu lieu en 1669 et en 1775. Le S. est resté une région catholique; on note cependant la présence de communautés anabaptistes et de quelques communautés juives, parfois très importantes, comme à Dürmenach. Aux portes de Bâle, Hégenheim est l'un des grands cimetières juifs, utilisé par les Alsaciens et les Suisses.
De 1125 au début du XIVe s., la région appartint aux comtes de Ferrette, dont l'un des membres, Berthold, fut évêque de Bâle de 1248 à 1262. En 1324, à la mort de son père Ulrich III, Jeanne de Ferrette épousa Albert II d'Autriche et le S. passa aux Habsbourg. Il fit partie de l'Autriche antérieure. Le territoire fut ravagé à diverses reprises, entre autres par les Bâlois en 1354 et 1369, par les Soleurois en 1445 et 1446, et attaqué lors de la guerre de Waldshut (1468) et de la guerre de Souabe (1499). La noblesse du S. fut décimée à Sempach (1386). La guerre de Trente Ans laissa le pays dévasté, notamment par les Suédois en 1632-1633 et 1637-1639; des immigrants venant des cantons de Lucerne, de Soleure et d'Argovie repeuplèrent la région. Le traité de Münster (1648) transféra au roi de France les droits des Habsbourg et Louis XIV donna à Mazarin et aux siens le comté de Ferrette et la seigneurie d'Altkirch. Lors de la création des départements en 1789, le S. fut intégré dans celui du Haut-Rhin. De 1815 à 1857, Altkirch fut sous-préfecture du Haut-Rhin, de 1871 à 1918 Kreisdirektion du Bezirk Oberelsass (soit distr. de Haute-Alsace). Durant la Deuxième Guerre mondiale, des jeunes gens fuirent vers la Suisse pour échapper à l'enrôlement de force.
Le S. a toujours été dans la sphère d'influence économique de Bâle. Les établissements religieux bâlois y avaient nombre de biens et de droits. L'historien Georges Livet appela le S. la "corbeille à pain de la Confédération", dans la mesure où il fournissait les Confédérés en blé à l'époque moderne. La région est traversée par la ligne de chemin de fer Paris-Bâle (TGV Est depuis 2008). La ligne secondaire Dannemarie-Pfetterhouse (1910-1970) fut prolongée jusqu'à Bonfol et Porrentruy. Au début du XXIe s., une partie de la main-d'œuvre de l'industrie bâloise (ville et agglomération) vient du S. qui, pour une bonne part, est intégré dans la Regio basiliensis; c'est ainsi que plus du quart de la population active d'Altkirch travaille à Bâle.