Comm. JU, distr. de Porrentruy. 1136 Alla, ancien nom all. Hall. Un des plus grands villages d'Ajoie, caractérisé par ses maisons des XVIIe et XVIIIe s. alignées le long de l'Allaine et du ruisseau de Cornol. 696 hab. en 1809, 918 en 1850, 1238 en 1900, 1371 en 1950, 1615 en 1970, 1542 en 2000, 1661 en 2010, 1868 en 2020.
Les gisements archéologiques du Noir Bois et de Pré Monsieur, situés sur une terrasse de la rive gauche de l'Allaine, au pied d'un anticlinal formé par les calcaires du Kimméridgien, découverts et explorés partiellement entre 1990 et 1993, sont les plus importants ateliers moustériens de taille de silex connus en Suisse. En activité entre 120 000 et 50 000 av. J.-C., ils ont livré plus de 100 000 éclats et outils retouchés, taillés dans un matériau d'origine locale. Passage de chasseurs magdaléniens vers 13 000 av. J.-C. Des villages d'agriculteurs des civilisations campaniformes (vers 2300 av. J.-C.) et de La Tène ancienne (vers 400 av. J.-C.) ont fourni des plans d'habitations et des ensembles d'objets, notamment des céramiques, quasiment inconnus jusqu'alors en Suisse. La route romaine reliant Epomanduodurum (Mandeure, F) à Aventicum, par Pierre-Pertuis, passait par A. où, large de 6,5 m, elle longeait deux établissements gallo-romains. Un troisième se situait sur les hauts du village actuel.
Cimetière du haut Moyen Age. A. partagea le sort indécis de l'avocatie (avouerie) d'Ajoie, intégrée à l'évêché de Bâle à la fin du XIIIe s. Pendant la guerre de Trente Ans, le village fut saccagé à plusieurs reprises (1634-1639). Chef-lieu d'une des quatre grandes mairies d'Ajoie depuis le XVIe s., A. fut l'un des foyers de l'agitation paysanne lors des Troubles. A. adopta le statut de commune mixte en 1836. La paroisse (mention en 1302, vocable saint Jean l'Evangéliste) releva du diocèse de Besançon jusqu'en 1779, puis de celui de Bâle. L'église, transformée en 1951-1953, a conservé un clocher à toit en bâtière de la fin du Moyen Age. Du XIVe au XIXe s., A. et la commune de Courgenay se disputèrent la jouissance de la forêt dite la Montagne d'A. Un autre litige aussi durable opposa A. aux bourgeois de Porrentruy à propos du droit de refuge dans cette ville contre la livraison régulière de bois. Au XIXe s., A. était une commune agricole assez prospère. L'industrie fut stimulée par le chemin de fer Porrentruy-Bonfol dès 1901. Au cours du XXe s., le village s'est transformé en un petit centre industriel: bois, horlogerie (boîtes de montres), bonneterie, filature de laines peignées; les entreprises font largement appel à la main-d'œuvre frontalière. En 1990, le secteur secondaire domine, A. restant toutefois un haut lieu du monde rural: la Coopérative agricole Centre-Ajoie y a installé un centre collecteur et de conditionnement des céréales (1964) et la localité accueille la Fête des paysans jurassiens depuis 1973. En 1984, l'arsenal cantonal a été installé dans une usine désaffectée.