D'abord centre de l'empire inca, puis colonie espagnole dès les années 1530, le P. proclame son indépendance en 1821 (république du P.). Le haut P. se sépare en 1825 et prend le nom de Bolivie. Les dictatures et les régimes libéraux se succèdent jusqu'en 1980, lorsque le pays renoue avec la démocratie. L'insurrection du Sentier lumineux (mouvement maoïste) ensanglante le P. pendant une décennie. La fin du XXe et le début du XXIe s. sont marqués par l'instabilité politique et, malgré la croissance économique, par l'accentuation des clivages sociaux.
Aux XVIIe et XVIIIe s., quelques missionnaires d'origine suisse se rendent au P., comme le jésuite fribourgeois Juan Magnin. Dès le XIXe s., des négociants tessinois s'installent dans le pays (notamment les Piazza). A la même époque, le Glaronais Johann Jakob von Tschudi étudie, au cours de ses voyages en Amérique du Sud, la faune péruvienne et dénonce le pillage du patrimoine archéologique du pays. La Suisse ouvre son premier consulat à Lima en 1884. Celui-ci est transformé en consulat général en 1931, avant d'être élevé au rang de légation en 1946 et d'ambassade en 1957. Pendant la Deuxième Guerre mondiale, la Suisse représente officiellement les intérêts du P. en Allemagne, en France et en Italie et ceux de la France de Vichy au P. Elle représente aussi l'Afrique du Sud au P. en 1986. Un premier accord commercial entre les deux pays (contenant la clause de la nation la plus favorisée) est conclu en 1953. Suivent des accords de coopération technique et scientifique (1964 et 2007), d'aide financière (1976), de promotion et de protection réciproque des investissements (1991), d'entraide judiciaire (1997) et sur le trafic aérien (2000).
En 2007, les exportations suisses au P. s'élevaient à 101,6 millions de francs (machines, produits pharmaceutiques, montres), les importations à 36,2 millions (café, légumes, machines). Ces chiffres ne tiennent pas compte des importations d'or péruvien qui se montaient à 1,68 milliard de dollars en 2006. L'année précédente, la Suisse occupait la cinquième place dans le commerce extérieur du P., en absorbant (or compris) 4,6% des exportations totales péruviennes. En 2006, les investissements directs suisses s'élevaient à 460 millions de francs. Plusieurs sociétés helvétiques sont présentes au P.: Nestlé, Société générale de surveillance (SGS), Panalpina, Glencore, Schindler, Asea Brown Boveri. En 2006, elles employaient quelque 5885 personnes. La Chambre de commerce suisse de Lima a été créée en 1979. Depuis 1964, le P. est un pays prioritaire de la coopération suisse au développement; celle-ci vise la bonne gouvernance, la promotion des petites et moyennes entreprises, la formation professionnelle et le soutien aux communautés locales. Les subventions de la Confédération ont atteint 15,4 millions de francs en 2007. En 1993, Berne a effacé la dette péruvienne. En contrepartie, le P. s'est engagé à créer un fonds du même montant (49 millions de fr.) pour la réalisation de projets en faveur de la petite entreprise, de l'environnement et des infrastructures sociales.
L'école suisse de Lima, soutenue par la Confédération, a été fondée en 1943 (Konrad Huber a été son premier directeur). Si le P. a été l'hôte d'honneur de la Foire suisse d'échantillons de Bâle en 1985 et 1986, plusieurs expositions concernant la Suisse ont été organisées dans le pays sud-américain: sur les photographes suisses dès 1840 (1986), sur Mario Botta (1988), sur la culture saint-galloise (1995). Les contacts entre les gouvernants des deux pays sont fréquents. Les présidents péruviens Alberto Fujimori (1996) et Alejandro Toledo (2003) ont visité la Suisse à l'occasion du Forum économique mondial de Davos. Au début du XXIe s., les conseillers fédéraux Micheline Calmy-Rey (2005) et Pascal Couchepin (2006) ont effectué des visites officielles au P. En 2008, la colonie helvétique au P. comptait 2573 personnes, dont 2128 doubles nationaux; les Péruviens en Suisse étaient 2956.