Geografischer Mittelpunkt des Berner Aargaus ist das Aaretal zwischen Aarau und Brugg. Im Süden erstrecken sich die Gletschertäler der Suhre, der Wyna und des Aabachs. Im Norden erhebt sich der Faltenjura, der gegen das angrenzende Fricktal in den Tafeljura übergeht. Der Berner Aargau umfasst das Gebiet der heutigen aargauischen Bezirke Aarau, Kulm, Zofingen, Lenzburg und Brugg, die vom 15. Jahrhundert bis 1798 Teil des bernischen Staates waren. Der Begriff ist nicht historisch und stellt auch heute keine offizielle Gebietsbezeichnung dar. Im bernischen Sprachgebrauch hiessen die 1415 eroberten habsburgischen Territorien seit der Heeresreform 1628 Unteraargau, in Abgrenzung zum heute noch bernischen Oberaargau zwischen Langenthal und Burgdorf.
1415 stiessen die Berner im Rahmen der Strafaktion gegen den von König Sigismund geächteten österreichischen Herzog Friedrich IV. von Habsburg in den Unteraargau vor. Sie eroberten die habsburgischen Städte Aarau, Lenzburg, Zofingen und Brugg und die meisten Burgen der habsburgischen Dienstleute im Aaretal und in den Seitentälern. Bis 1514 dehnte Bern seine Landesherrschaft gegen Norden in den Jura aus und kam so in den Besitz mehrerer strategisch wichtiger Passübergänge ins vorderösterreichische Fricktal. Der Unteraargau war nun bernisches Untertanengebiet mit schliesslich sieben Landvogteien und den vier Munizipalstädten Aarau, Zofingen, Lenzburg und Brugg, die Sonderrechte wie die hohe Gerichtsbarkeit behielten. Neben den Munizipalstädten blieben viele mittelalterliche Twingherrschaften ehemaliger habsburgischer Dienstleute bestehen. Diese verloren aber immer mehr Rechte an Bern. Die Landvogteiverwaltung stützte sich auf einen sehr kleinen Beamtenstab, nämlich die bernburgerlichen Landvögte und Landschreiber, sowie auf die lokalen Honoratioren. Die von diesen Führungsgruppen getragene Gemeindeorganisation war der Hauptpfeiler der bernischen Herrschaft. Nach deren Ende 1798 wurde der Berner Aargau ohne das Amt Aarburg, das bei Bern verblieb, zum neuen Kanton Aargau geschlagen. In der zweiten Helvetischen Verfassung von 1802 sollte der ebenfalls 1798 geschaffene Kanton Baden mit dem um das Amt Aarburg erweiterten Kanton Aargau verschmelzen. 1803 schliesslich wurde aus den Kanton Baden und Aargau sowie dem Fricktal der heutige Kanton Aargau.
In wirtschaftlicher Hinsicht dienten die Vogteien den neuen Landesherren zunächst als Kornkammer. Die Munizipalstädte blieben wirtschaftlich nur von regionaler Bedeutung. Im 17. und 18. Jahrhundert förderte Bern in zunehmendem Masse Gewerbe und frühe Industrie. Im späten 18. Jahrhundert war der Berner Aargau die am stärksten industrialisierte Region im Stadtstaat. Hauptzweig war die Baumwollverarbeitung, die von Unternehmern in Aarau, Lenzburg und Zofingen im Verlagssystem organisiert wurde. Entscheidende Beiträge zur Industrialisierung leisteten die von Bern aufgenommenen hugenottischen Flüchtlinge. Entsprechend hoch war der Bevölkerungszuwachs im 18. Jahrhundert: 1764-1798 wuchs die Bevölkerung um 35%, ungleich mehr als in den übrigen Kantonsteilen. Noch 1870 betrug in den Bezirken Aarau, Lenzburg, Kulm und Zofingen der Anteil der Vollbauern zwischen 34 und 40% aller Berufstätigen, während er in den anderen Bezirken zwischen 46 und 57% lag. Die Berner Herrschaft bestimmte auch die Konfession: Der Rat verfügte nach der Berner Disputation 1528 die Einführung der Reformation. Zu Beginn des 16. Jahrhunderts wanderten ins obere Wynen- und ins Ruedertal zahlreiche Täufer aus Zürich zu. Trotz dem Druck der bernischen Obrigkeit im 16. und 17. Jahrhundert verschwand das Täufertum nie gänzlich aus dem Berner Aargau.