Transitverkehr wird der durch ein Gebiet führende Verkehr mit Ausgangs- und Endpunkten ausserhalb dieses Gebiets genannt. Der Transitverkehr war und ist infolge der allgemeinen Verkehrs- und Transportvoraussetzungen sowie konkreter verkehrspolitischer Massnahmen immer stark auf einige wenige Routen beschränkt. Die schweizerische verkehrshistorische und verkehrspolitische Debatte hat sich hinsichtlich des Transitverkehrs auf den Gütertransport und auf den alpenquerenden Transit fokussiert. Nur selten wurde dagegen der Transitverkehr in Ost-West-Richtung thematisiert, der seit dem Ende des 19. Jahrhunderts – erst von da an liegen Zahlen vor – stets geringer war als derjenige über die Alpen. Ebenfalls kaum Erwähnung findet die Hochseeschifffahrt, auf die überhaupt die grössten Tonnagen des Transits zwischen Nord- und Südeuropa entfallen (Schifffahrt). Das hierzulande oft evozierte Bild der Schweiz als einer Drehscheibe des internationalen Transits verstellt die Sicht darauf, dass westlich und östlich der Schweiz ebenfalls wichtige Transitrouten verlaufen, die über grosse Zeiträume hinweg bedeutender als die schweizerischen waren.
Hinweise auf über schweizerisches Gebiet führenden Fernhandel gibt es seit vorgeschichtlicher Zeit. In der Schweiz sind Septimerpass, Julierpass und Malojapass in Graubünden und Grosser St. Bernhard im Wallis die Alpenübergänge, auf denen ein transalpiner Verkehr quellenmässig schon früh nachzuweisen ist. Im Spätmittelalter kamen der Splügenpass, der San Bernardino, der Gotthardpass und der Simplonpass hinzu. Seit dem Mittelalter entwickelten sich aus den wichtigsten Pässen und deren Zubringern eigentliche Transitrouten. Diese entstanden zuerst im Zusammenhang mit dem Messehandel (Messen). Auf ihnen bildeten die Wege (Strassen) zusammen mit den weiteren Verkehrsinfrastrukturen wie Hospizen, Gasthäusern, Susten, Säumergenossenschaften (Säumerei), Zöllen und Geleiten oder in den Städten auch Warenniederlagen und Kaufhäusern komplexe institutionelle Gefüge des Fernhandels (Handel). Die Handels- und Speditionshäuser siedelten sich einerseits in wichtigen Marktorten an. Andererseits bevorzugten sie Orte, an denen sich die Transportverhältnisse grundlegend änderten und etwa vom flacheren ins gebirgige Gelände oder vom Wasser- auf den Landweg wechselten, wie zum Beispiel in Basel, Chur, Genf, Luzern oder Zürich. Unter den materiellen Bedingungen des vormodernen Transports beschränkte sich der Transithandel hauptsächlich auf hochwertige, kleinvolumige Güter. Moderne Forschungen unterstreichen, wie dünn dieser Fernverkehr im Vergleich zu den lokalen und regionalen Bewegungen immer war. Transitverkehr war und ist immer nur ein kleiner Teil des Gesamtverkehrs. Während für das 18. Jahrhundert neue Höchststände des Transitverkehrs nachzuweisen sind, kam es in den ersten beiden Jahrzehnten des 19. Jahrhunderts zu einem weitgehenden Erliegen des alpenquerenden Transitverkehrs durch die Schweiz. Grund dafür waren die immer grösseren Zollbelastungen entlang der Strecken und grossräumige Verlagerungen der internationalen Güterströme.
Die Entwicklung der Transportmittel und der Infrastrukturen veränderten den Transitverkehr ab dem 19. Jahrhundert grundlegend. Zuerst verbesserten die Chausseen und die Kunststrassen die Bedingungen der sogenannten Direktfuhren gegenüber den bislang besonders im Gebirge dominierenden Etappentransporten. Die wichtigste Zäsur im 19. Jahrhundert resultierte aus dem Bau der Alpenbahnen (Eisenbahnen), im Ausland über den Semmering (Eröffnung 1854), den Brenner (1867) und durch den Mont Cenis (1871), in der Schweiz mit der Gotthardbahn (1882) sowie der Simplon- (1906) und der Lötschbergstrecke (1913) der Jura-Simplon-Bahn bzw. Bern-Lötschberg-Simplon-Bahn (BLS). Die Bahnen, die den Transport von Massengütern über längere Distanzen auf dem Landweg ermöglichten, revolutionierten die Transitstruktur. Schon ein Jahr nach der Eröffnung erreichte die Gotthardbahn einen Anteil von 57% am gesamten schweizerischen Transitverkehr. Dieses Verhältnis sollte sich bis 1929 mit 70% noch akzentuieren.
Die nächste grundlegende Veränderung der Transitbedingungen ergab sich aus dem ab den 1960er Jahren forcierten Ausbau der alpenquerenden Strassen. Die Brennerautobahn wurde 1963, der Mont-Cenis-Strassentunnel 1965, der San-Bernardino-Tunnel 1967 und der Gotthard-Tunnel 1980 eröffnet. Auch die Simplonstrasse wurde in den 1970er und 1980er Jahren ausgebaut. Eine jüngste Zäsur bahnt sich schliesslich mit den Eisenbahnbasistunnels durch den Lötschberg (2007 eröffnet) und durch den Gotthard (2016 eröffnet) im Rahmen des Neat-Projekts an.
Auch im 20. Jahrhundert machte der Transitverkehr nur einen kleinen, allerdings bis in die Gegenwart wachsenden Teil des Gesamtverkehrsvolumens aus. So hat sich bei allgemein stark steigendem Transportvolumen der Anteil des Gütertransits am gesamten Verkehr in der Schweiz von 2% 1950 auf 6,3% 2009 verdreifacht. Ganz anders sieht allerdings wegen der viel längeren Transportdistanzen der Anteil des Transitverkehrs bezüglich der erbrachten Transportleistung aus. Es kann geschätzt werden, dass im Transitverkehr grössere Tonnenkilometerleistungen erbracht werden als im ganzen übrigen Gütertransport.
Die Güterströme des Transitverkehrs verteilten sich auf verschiedene Nachbarländer. Für den schweizerischen Transitverkehr ist Deutschland das bei Weitem wichtigste Ausgangsland, Italien das wichtigste Zielland. Dieser Verkehr machte bis in die 1950er Jahre über die Hälfte des gesamten schweizerischen Transitverkehrs aus. Die aus Deutschland stammenden Transitgüter bestanden zu 75% aus Kohle und Eisen. Während des Zweiten Weltkriegs wuchs dieser Transitverkehr auf das Vierfache an, wobei damals 88% des gesamten Transitverkehrsvolumens deutsche Kohleexporte waren. In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts verlor die Kohle ihre Bedeutung als wichtigstes Transitgut. In der Folge erreichte kein Transportgut je wieder eine solche Dominanz: Um 1950 waren ein Viertel aller Transitgüter Nahrungsmittel, noch ein Drittel war Kohle oder Erdöl und ein weiteres Viertel Metalle. Fortan stieg auch das Volumen der transportierten Chemikalien und Düngerstoffe.
Ab den 1960er Jahren läuteten die Strassenausbauten das Ende des Transportmonopols der Bahn auch im alpenquerenden Verkehr ein. In den Ländern des Alpenbogens fiel der Anteil der Bahn im alpenquerenden Güterfernverkehr bis 2005 auf 42%. Dabei entwickelte sich der Modalsplit in der Schweiz jedoch markant anders als in Frankreich, Österreich oder Italien. In der Schweiz nahm der Anteil der Eisenbahn am Gütertransit erst ab 1980 substanziell ab; er lag 1990 bei 89%, 2000 bei 78% und 2012 bei 70%. Vor allem höherwertige Güter wurden vermehrt auf der Strasse transportiert, während die Bahn ihre Bedeutung für die Massengüter behielt. Anders entwickelte sich der Personenverkehr. Hier vermochten die Bahnen auch in der Schweiz ihre starke Stellung nicht zu behaupten. 1985 betrug der Anteil der Gotthardbahn und der BLS am alpenquerenden Personenverkehr noch weniger als 25%. Die schweizerische Eigentümlichkeit – die nach wie vor sehr starke Position der Bahn im Gütertransit – ist das Resultat einer engagierten Verkehrspolitik. Deren zentrale Elemente waren zunächst die 28-Tonnen-Limite für Lastwagen, die bis 2008 schrittweise aufgehoben wurde, und das nach wie vor für diese geltende Nacht- und Sonntagsfahrverbot. Die 1994 angenommene Alpeninitiative verpflichtete den Bund zur Verlagerung des Güterverkehrs von der Strasse auf die Schiene. Diesem Zweck dienten auch die Modernisierung der Schieneninfrastruktur, insbesondere durch das 1992 gutgeheissene Neat-Projekt, die seit 2001 erhobene leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe sowie das 2002 in Kraft getretene bilaterale Landverkehrsabkommen mit der EU.