Nach der Teilung der demokratisierten Tschechoslowakei wurde die Tschechische Republik schon an ihrem Gründungstag, dem 1. Januar 1993, von der Schweiz anerkannt. Die Gültigkeit der 22 zwischen der Tschechoslowakei und der Schweiz bestehenden bilateralen Verträge wurde bestätigt. Neu schloss die Schweiz mit der Tschechischen Republik 1995 ein Doppelbesteuerungsabkommen (seit 23. Oktober 1996 in Kraft). Der Handel zwischen den beiden Ländern zeigt seit 1994 ein starkes Wachstum, wobei die Schweiz immer eine positive Handelsbilanz aufwies. 2001 exportierte sie Waren (v.a. Maschinen, pharmazeutische und chemische Produkte) für 928 Mio. Franken (1994 417 Mio. Franken) in die Tschechische Republik, während sie für 672 Mio. Franken (1994 196 Mio. Franken) vor allem Maschinen, Textilien und Metallwaren aus der Tschechischen Republik einführte. Gewichtige Schweizer Investoren wie Nestlé, ABB und Kraft Jacobs Suchard gründeten in der Tschechischen Republik ihre Niederlassungen. Das 1995 aus der Swisscom und der niederländischen PTT gebildete Konsortium Telsource beteiligte sich mit einem bedeutenden Anteil an der tschechischen Telecom-Gesellschaft. 1998 stand die Schweiz mit Direktinvestitionen von rund 1,65 Mrd. Franken an vierter Stelle der ausländischen Investoren in der Tschechischen Republik (1994 198 Mio. Franken). Bis 1999 stellte die Schweiz der Tschechischen Republik 15,4 Mio. Franken für die Bereiche Politik, Staatsaufbau, Kultur, Wissenschaft und Ausbildung zur Verfügung und gewährte ihr 34 Mio. Franken für Projekte im Umweltbereich und in den Sektoren Gesundheit und Infrastruktur als nicht rückzahlbare Finanzhilfe. In der Schweiz leben seit 1989 ca. 12'000-14'000 Tschechen (respektive Slowaken), während in der Tschechischen Republik 2003 ca. 930 Auslandschweizer registriert waren. Die beiden Staaten pflegen intensive kulturelle Beziehungen (Konzerte, Ausstellungen, Theater). In Prag sind mehrere schweizerische Kultursponsoren tätig. Pro Helvetia betrieb dort 1992-2005 ein Zweigbüro (sogenannte Antenne). Zwischen den schweizerischen und tschechischen Hochschulen bestehen Partnerschaftsverträge.