Die 1506 von den Portugiesen entdeckte Insel Madagaskar wurde 1896 eine französische Kolonie, 1958 eine autonome Republik innerhalb der Französischen Gemeinschaft und erlangte 1960 die Unabhängigkeit. Nachdem 1975 ein sozialistisches System eingeführt worden war, leitete die madagassische Regierung in den 1990er Jahren liberale Reformen ein und wechselte zu einem Mehrparteiensystem. Zu Beginn des 21. Jahrhunderts herrschte im Land nach wie vor politische Instabilität.
Der Bundesrat anerkannte 1896 die Annexion Madagaskars durch Frankreich und ebenso am 26. Juni 1960 dessen Unabhängigkeit. Die ab dem 19. Jahrhundert anwesenden katholischen und reformierten Missionare machten in der Kolonialzeit ein Drittel bis die Hälfte der dort lebenden Schweizer aus. 2005 zählte die Schweizer Kolonie 356 Personen, während sich 466 Madagassen in der Schweiz aufhielten. Das 1925 in Toamasina eröffnete Schweizer Konsulat wurde 1932 nach Antananarivo verlegt und 1964 in eine Botschaft umgewandelt. 1973-1993 vertrat die Schweiz die Interessen Israels in Madagaskar. Sie unterhält mit der Insel vielfältige kulturelle und wissenschaftliche Beziehungen (starke Präsenz der Kirchen, naturwissenschaftliche und ethnologische Forschung, Stipendien).
Der Handelsverkehr, der häufig über Frankreich abgewickelt wird, fusst vor allem auf dem Import von Landwirtschaftsprodukten – Madagaskar ist für die Schweiz der Hauptlieferant von Vanille und Gewürznelken – und dem Export von Uhren, Maschinen, Apparaten und chemischen Erzeugnissen. 2006 betrugen die Importe 7,3 Mio. Franken, die Exporte 2,8 Mio. Franken. 1963 half Albert Masnata, Leiter der Schweizerischen Zentrale für Handelsförderung, beim Aufbau einer madagassischen Exportbehörde. 1964 unterzeichnete die Schweiz ein bilaterales Abkommen über Handel, Investitionsschutz und technische Zusammenarbeit. Madagaskar wurde in den 1970er Jahren ein Schwerpunktland der schweizerischen Entwicklungszusammenarbeit. 1998 schloss die Direktion für Entwicklung und Zusammenarbeit ihr Büro in Antananarivo. Sie startete 2001 ein Spezialprogramm zur Förderung der Good Governance und ländlichen Entwicklung, wofür sie 2006 8,61 Mio. Franken einsetzte. Zu Beginn des 21. Jahrhunderts waren mehrere Unternehmen (in der Hotellerie, im Gastgewerbe und Tourismus, sowie Konstruktions- und Projektleitungsbüros) in Madagaskar in schweizerischem Besitz. Zu den auf der Insel aktiven Schweizer Firmen zählen Holcim und die Société générale de surveillance.
Nach einer 1978 geleisteten Spende von 15 Mio. Franken für die ländliche Entwicklung erhielt Madagaskar 1982-1990 70 Mio. Franken als Zahlungsbilanzhilfe zur Beschaffung von Gütern des Grundbedarfs. Ab 1981 verhandelte Madagaskar im Rahmen des Club de Paris über eine Umschuldung. 1999 stellte die Schweiz ihre finanzielle Zusammenarbeit ein und beschränkte sich fortan auf Entschuldungsmassnahmen. Die Schulden Madagaskars in der Höhe von 11,4 Mio. Franken wurden in zwei Etappen (2001 und 2004) erlassen.